นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น (อังกฤษ: Prime Minister of Japan) ภาษาญี่ปุ่นเรียก ไนกากุโซริไดจิง (ญี่ปุ่น: 内閣総理大臣 Naikaku-sōri-daijin) หรือ ชูโช (ญี่ปุ่น: 首相 Shushō) เป็นหัวหน้ารัฐบาลญี่ปุ่นและผู้บัญชาการสูงสุดของกองกำลังป้องกันตนเองญี่ปุ่น จักรพรรดิทรงแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีตามที่สภานิติบัญญัติแห่งชาติถวายชื่อ นายกรัฐมนตรีต้องได้รับความไว้วางใจจากสภาผู้แทนราษฎรให้ดำรงตำแหน่ง นายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าคณะรัฐมนตรี และรัฐมนตรีคนอื่น ๆ จะดำรงตำแหน่งตามอัธยาศัยของนายกรัฐมนตรีนายกรัฐมนตรีคนปัจจุบัน คือ ชินโซ อาเบะ ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ 26 ธันวาคม ค.ศ. 2012