หลักปฏิบัติพื้นฐานของนิกายนี้คือ

• ศรัทธา ปฏิบัติ ศึกษา

ศรัทธา คือการใช้ความศรัทธาที่จริงใจและบริสุทธิ์ใจในพระสัทธรรมปุณฑริกสูตรแทนที่สติปัญญาอันจำกัดของปุถุชน นิจิเร็นโชชูจะเน้นมากในด้านความศรัทธา

ปฏิบัติ คือการนำคำสอนมาใช้ในชีวิต ดำเนินชีวิตถูกต้องตามหลักธรรม หมั่นภาวนาไดโมกุ ขัดเกลาอุปนิสัย และบำเพ็ญเพียรแนะนำธรรมแก่ผู้อื่น

ศึกษา คือการมีหนี่งใจใฝ่หาธรรมะทำความเข้าใจคำสอนให้ถ่องแท้

นิจิเร็นโชชูจะศึกษาคำสอนจากบทธรรมนิพนธ์ของพระนิจิเร็นไดโชนิง (โงโช) ซึ่งก็คือจดหมายหลายร้อยฉบับที่พระนิจิเร็งเขียนถึงสานุศิษย์หรือคำเทศนาปากเปล่าของท่านที่ได้รับการจดบันทึกไว้ โดยมีพระสงฆ์อรรถาธิบายอีกต่อหนึ่ง เมื่อใดที่พระสงฆ์อธิบายข้อธรรมหรือตอบคำถามของผู้นับถือจะต้องหยิบยกข้อความจากบทธรรมนิพนธ์มาเกริ่นนำเสมอ ปัจจุบันบทธรรมนิพนธ์เหล่านี้ทั้งต้นฉบับจริงหรือสำเนาคัดลอกล้วนถูกเก็บรักษาไว้ที่วัดไทเซกิจิในฐานะสมบัติศักดิ์สิทธิ์บทธรรมนิพนธ์ที่สำคัญๆตามการจำแนกของนิจิเร็นโชชูอันเปรียบเสมือนเพชรยอดมงกุฎมีอยู่ 10 ฉบับ ได้แก่ 1.ไดโมกุแห่งสัทธรรมปุณฑริกสูตร 2.การยังสันติสุขสู่บ้านเมืองด้วยการเผยแผ่ศาสนาพุทธที่แท้จริง 3.เปิดดวงตา 4.วัตถุบูชาที่แท้จริง 5.การเลือกเวลา 6.การตอบแทนหนี้บุญคุณ 7.สาระสำคัญของสัทธรรมปุณฑริกสูตร 8.ความศรัทธา 4 ขั้นและการปฏิบัติ 5 ขั้น 9.ปุจฉาวิสัชนาเกี่ยวกับโกฮนซง และ 10.จดหมายตอบชิโมมายะ

• สวดพระสูตรและไดโมกุ (ธรรมสารัตถ) ที่ว่า นัมเมียวโฮเร็งเงเกียว ("ขอนอบน้อมอุทิศชีวิตแด่พระสัทธรรมปุณฑริกสูตร") ทุกเช้าเย็นต่อโกฮนซงเป็นกิจวัตรอันสำคัญที่จะขาดเสียมิได้ และต้องถือการปฏิบัตินี้เป็นหนึ่งในชีวิตประจำวัน พิธีการนี้เรียกว่า งงเกียว หรือ การทำวาระเช้าเย็น โดยนิจิเร็นโชชูเชื่อว่าเป็นวิธีปลุกธรรมชาติพุทธะที่อยู่ในตนให้ตื่นขึ้นโดยอาศัย 4 พลังมหัศจรรย์คือ พลังพุทธะ พลังธรรมะในโกฮนซง พลังศรัทธา และ พลังการปฏิบัติ ในผู้ปฏิบัติเพื่อมุ่งหวังให้เกิดการประสานความจริงกับปัญญา (เคียวชิเมียวโกะ) มีพุทธิปัญญาในการดำเนินชีวิตให้ถูกต้องตามหลักธรรมะ กำจัดกรรมด้านลบ และชำระอยาตนะทั้ง 6 ให้บริสุทธิ์สะอาดมากยิ่งขึ้น วันละ 2 ครั้งเช้าเย็นโดยแบ่งเป็นเช้า 5 วาระและเย็น 3 วาระ นิจิเร็นโชชูจะทำวาระและสวดไดโมกุเบื้องหน้าโกฮนซงเท่านั้น

-ธรรมสารัตถนี้อธิบายได้ว่า นัมคือ นโม อุทิศชีวิต เมียวคือ มหัศจรรย์ เร้นลับเหนือความเข้าใจคาดคะเน โฮคือ ธรรมะ ความจริง เร็งเงคือ บัวขาวหรือปุณฑริก เคียวคือพระสูตร ฉะนั้นบ่อยครั้งที่คำสอนของพระนิจิเร็นไดโชนิงจะถูกนิจิเร็นโชชูเรียกว่าเมียวโฮ (ธรรมมหัศจรรย์)

-ส่วนพระสูตรนั้น นิจิเร็นโชชูจะสวดพระสูตรเพียง 2 บทใน 28 บทเท่านั้นเพราะเชื่อว่าคือบทที่สำคัญที่สุด สองบทนั้นได้แก่

1.บทโฮเบ็ง (บทกุศโลบาย) บทคัดย่อของบทร้อยแก้วของบทที่ 2 แห่งสัทธรรมปุณฑริกสูตร พระศากยมุนีเปิดเผยว่าคำสอนที่ผ่านมาคือกุศโลบาย ทรงใช้หลากหลายยุทธวิธีในการสั่งสอนสรรพสัตว์ให้หันเข้าสู่พระโพธิญาณ ทรงแสดงธรรมถึงความสอดคล้องของปรากฏการณ์ทั้งปวง

2.บทจูเรียว (บทพระชนมายุกาลของพระตถาคตเจ้า) บทร้อยกรองและร้อยแก้วของบทที่ 16 แห่งสัทธรรมปุณฑริกสูตร พระศากยมุนีเปิดเผยว่าพระองค์บรรลุสัมมาสัมโพธิญาณมาเนิ่นนานแล้ว และพระชนมายุกาลเป็นนิรันดร์ ทรงดำรงอยู่ในฐานะพระพุทธะแห่งอดีตอันไกลโพ้น ทรงแสดงธรรมถึงความเป็นไปได้ของสรรพสิ่ง ทุกสภาพชีวิตในการบรรลุพุทธภาวะ บทนี้นิจิเร็นโชชูเชื่อว่าคือใจความหลักของพระสูตร

ขณะทำวาระนิจิเร็นโชชูทั้งพระสงฆ์และฆราวาสจะใช้ลูกปะคำคล้องนิ้วกลางทั้งสองข้างที่พนมมืออยู่โดยบิดสายปะคำให้คล้ายเลข 8 ลูกปะคำใช้แทนความหมายถึงชีวิต นิจิเร็นโชชูบางคนจะพกไว้ติดตัวเสมอแต่ไม่ถือเป็นเครื่องรางของขลังกันภัย

จุดมุ่งหมายของผู้ปฏิบัติคือการขัดเกลาอุปนิสัย บำเพ็ญตนให้ถูกต้องตามหลักธรรม แก้ไขชะตากรรม เป็นอิสระจาก 3 หนทางแห่งกิเลส กรรมและความทุกข์ ได้มีชีวิตดั่งวลีที่ปรากฏในพระสูตรว่า"ชีวิตที่สุขสงบมั่นคงในชาตินี้และสิ่งแวดล้อมที่ดีในชาติหน้า" ท้ายที่สุดคือการบรรลุพุทธภาวะในรูปกายปัจจุบัน (โซกูซินโจบุตสึ) ซึ่งเป็นคำสอนในนิกายนี้ที่ลึกซึ้งที่สุด