ศาสนาพุทธในอินเดียเริ่มเสื่อมลงตั้งแต่ราว พ.ศ. 1600 - 1700 เนื่องมาจากการทำสงครามกับชาวมุสลิมที่เข้ามารุกรานอินเดีย ซึ่งทำให้การนับถือพุทธศาสนามหายานในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เสื่อมลงด้วย ในช่วงเวลานั้น การค้าขายทางทะเลระหว่างตะวันออกกลางไปยังจีนผ่านทางศรีลังกาเริ่มเฟื่องฟูขึ้น และเป็นช่วงเวลาเดียวกับที่มีการฟื้นฟูนิกายเถรวาทที่ใช้ภาษาบาลีที่ศรีลังกาอีกครั้ง นิกายนี้จึงแพร่หลายไปสู่เอเชียตะวันออกเฉียงใต้

พระเจ้าอโนรธามังช่อ กษัตริย์ผู้ก่อตั้งจักรวรรดิพม่าครั้งแรกเป็นผู้รับพุทธศาสนาเถรวาทลัทธิลังกาวงศ์นี้เข้าสู่พม่า มีการสร้างเจดีย์ในเมืองหลวงมากมาย[40] แม้ในกาลต่อมา อำนาจของพม่าเสื่อมถอยลงเพราะถูกมองโกลรุกราน และไทยมีอำนาจขึ้นแทน พุทธศาสนานิกายเถรวาทก็ยังคงเป็นนิกายหลักในพม่า

พุทธศาสนานิกายเถรวาทจากลังกาแพร่หลายเข้าสู่ประเทศไทยที่นครศรีธรรมราชและสุโขทัยเมื่อราว พ.ศ. 1800[41] และยังคงนับถือสืบเนื่องมาจนปัจจุบัน พุทธศาสนานิกายเถรวาทได้แพร่หลายจากไทยไปยังลาวและกัมพูชา ที่เคยอยู่ภายใต้การปกครองของไทยมาก่อน ส่วนดินแดนในเขตหมู่เกาะของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่เคยนับถือนิกายมหายานเปลี่ยนไปนับถือศาสนาอิสลามเกือบทั้งหมด