บรูไนเป็นที่รู้จักและมีอำนาจมากในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 14 ถึงคริสต์ศตวรรษที่ 16 โดยมีอาณาเขตครอบครองส่วนใหญ่ของเกาะบอร์เนียวและส่วนหนึ่งของหมู่เกาะซูลู มีชื่อเสียงทางการค้า สินค้าส่งออกที่สำคัญในสมัยนั้น ได้แก่ การบูร พริกไทย และทองคำ

หลังจากนั้นบรูไนเสียดินแดนและเสื่อมอำนาจลงเนื่องจากสเปน และเนเธอร์แลนด์ได้แผ่อำนาจเข้ามา

จนถึงสมัยคริสต์ศตวรรษที่ 19 ในปี พ.ศ. 2431 (ค.ศ. 1888) ด้วยความวิตกว่าจะต้องเสียดินแดนต่อไปอีก บรูไนจึงได้ยินยอมเข้าอยู่ภายใต้อารักขาของอังกฤษ และต่อมาในปี พ.ศ. 2449 (ค.ศ. 1906) บรูไนได้ลงนามในสนธิสัญญายินยอมอยู่เป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษอย่างเต็มรูปแบบ

ในปี พ.ศ. 2472 (ค.ศ. 1929) บรูไนสำรวจพบน้ำมันและแก๊สธรรมชาติที่เมืองเซรีอา ทำให้บรูไนมีฐานะมั่งคั่งในเวลาต่อมา

ในปี พ.ศ. 2505 (ค.ศ. 1962) ได้มีการเลือกตั้ง ซึ่งพรรคประชาชนบอร์เนียว (Borneo People’s Party) ได้รับชัยชนะอย่างท่วมท้น แต่ถูกกีดกันไม่ให้จัดตั้งรัฐบาล ต่อมาจึงได้ยึดอำนาจจากสุลต่าน แต่สุลต่านทรงได้รับความช่วยเหลือจากกองทหารกูรข่าที่กองทัพบกอังกฤษส่งมาจากสิงคโปร์ หลังจากนั้นได้มีการประกาศภาวะฉุกเฉิน และต่ออายุทุก ๆ 2 ปี เรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน

หลังจากที่อยู่ภายใต้อารักขาของอังกฤษมาถึง 95 ปี บรูไนก็ได้รับเอกราชเมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2527 ค.ศ. 1984