เปรูมีพื้นที่ 1,285,220 ตารางกิโลเมตร มีพรมแดนติดกับเอกวาดอร์และโคลอมเบียทางเหนือ บราซิลทางตะวันออก โบลิเวียทางตะวันออกเฉียงใต้ ชิลีทางใต้ และมหาสมุทรแปซิฟิกทางตะวันตก ประเทศเปรูมีเทือกเขาแอนดีสพาด ผ่านขนานกับชายฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิก แบ่งประเทศออกเป็นสามภูมิภาคทางภูมิศาสตร์ ได้แก่ พื้นที่ชายฝั่งหรือโกสตา (costa) ทางตะวันตก เป็นที่ราบแคบและแห้งแล้งยกเว้นบริเวณหุบเขาซึ่งเกิดจากแม่น้ำตามฤดูกาล เขตที่สูงหรือเซียร์รา (sierra) เป็นภูมิภาคบนเทือกเขาแอนดีส ซึ่งเป็นที่ตั้งของที่ราบสูงอัลตีปลาโน (Altiplano) เช่นเดียวกับอวสการัน (Huascarán) จุดที่สูงที่สุดของประเทศ 6,768 เมตร[6] ส่วนที่สามคือเขตป่ารกทึบหรือเซลบา (selva) เป็นที่ราบกว้างขวาง ปกคลุมด้วยป่าดิบชื้นแอมะซอน เกือบร้อยละ 60 ของพื้นที่ประเทศอยู่ในส่วนนี้[7]

แม่ น้ำส่วนใหญ่มีต้นกำเนิดจากเทือกเขาแอนดีส และไหลลงสู่เขตลุ่มน้ำสามแห่งของเปรู แม่น้ำที่ไหลไปทางมหาสมุทรแปซิฟิกนั้นสูงชันและสั้น ไหลอย่างไม่สม่ำเสมอ ในขณะที่สายที่ไหลไปทางแม่น้ำแอมะซอนนั้นยาวกว่า มีกระแสน้ำมากกว่า และสูงชันน้อยกว่าเมื่อไหลออกจากเขตที่สูง ส่วนแม่น้ำที่ไหลไปยังทะเลสาบตีตีกากาส่วนใหญ่จะสั้นและมีกระแสน้ำมาก[8] แม่น้ำสายที่ยาวเป็นอันดับต้น ๆ ของเปรูได้แก่ แม่น้ำอูกายาลี แม่น้ำมาราญอน แม่น้ำปูตูมาโย แม่น้ำยาบารี แม่น้ำอัวยากา แม่น้ำอูรูบัมบา แม่น้ำมันตาโร และแม่น้ำแอมะซอน[9]

เปรูไม่ได้มีเฉพาะภูมิอากาศแบบเขตร้อนเหมือนประเทศแถบเส้นศูนย์สูตรทั่วไป อิทธิพลของเทือกเขาแอนดีสและกระแสน้ำฮุมโบลดท์ทำ ให้เปรูมีความหลากหลายทางภูมิอากาศ เขตชายฝั่งมีอากาศอบอุ่น ปริมาณน้ำฝนต่ำ และความชื้นสูง ยกเว้นส่วนเหนือสุดที่ร้อนกว่าและฝนตกมากกว่า[10] โดยเฉพาะในช่วงที่เกิดปรากฏการณ์เอลนีโญ บริเวณชายฝั่งตอนเหนือจะมีฝนตกหนักมาก[11] เขตที่สูง มีฝนตกบ่อยในฤดูร้อน อุณหภูมิและความชื้นลดลงตามความสูง[12] ส่วนเขตป่ารกทึบมีจุดสำคัญที่ฝนตกหนักและอุณหภูมิสูง ยกเว้นส่วนใต้สุดที่มีฤดูหนาวที่หนาวเย็นและฝนตกตามฤดูกาล[13] จากภูมิประเทศและภูมิอากาศที่หลากหลาย ทำให้เปรูมีความหลากหลายทางชีวภาพสูง โดยจนถึงปี พ.ศ. 2546 พบพืชและสัตว์แล้วถึง 21,462 ชนิด ในจำนวนนั้น 5,855 เป็นสปีชีส์เฉพาะถิ่น[14]