ฟองน้ำนั้นสามารถจำแนกให้เป็นหมวดหมู่ได้โดยการสังเกตลักษณะของขวากที่แตกต่างกัน ได้เป็น 3 ชั้น (class) ดังนี้

• ชั้นคัลคาเรีย (Calcarea) หรือ ฟองน้ำหินปูน ซึ่งมีขวากเป็นหินปูนรูปร่างคล้ายเข็มสามหรือสี่แฉก ฟองน้ำชนิดนี้มีลักษณะแข็งเปราะ ได้แก่ ฟองน้ำแจกัน (Scypha)
• ชั้นเฮแซกทินเนลลิดา (Hexactinellida) หรือ ฟองน้ำแก้ว คือฟองน้ำหกแฉก ขวากมีองค์ประกอบเป็นซิลิกาซึ่งมีโครงสร้างสานกันเป็นตาข่าย มีรูปร่างคล้ายแจกันและมีสีสันสวยงาม ฟองน้ำชนิดนี้อาศัยอยู่ในทะเลบริเวณน้ำลึก ได้แก่ กระเช้าดอกไม้วีนัส (Venus Flower Basket) หรือฟองน้ำสายพันธุ์ยูเพลคเทลลา (Euplactella)
• ชั้นเดโมสปอนเจีย (Demospongiae) เป็นฟองน้ำที่มีลักษณะอ่อนนุ่ม ขวากมีองค์ประกอบเป็นเส้นใยที่เป็นสารจำพวกสเกลอโรโปรตีน หรือบางชนิดอาจเป็นซิลิกาผสมใยโปรตีน ไม่มีหินปูนเป็นองค์ประกอบ ฟองน้ำจำพวกนี้อาศัยอยู่ในทะเล และมีสีสันสวยงามได้แก่ ฟองน้ำถูตัว, (Spongia) ฟองน้ำดอกเห็ด, (Pterion) และฟองน้ำจืด (Spongilla)