ฟีฟ่าคอนเฟเดอเรชันส์คัพ 2013 รอบแพ้คัดออก จะเริ่มต้นในวันที่ 26 มิถุนายน กับรอบรองชนะเลิศ, และในวันที่ 30 มิถุนายน 2013 กับ ชิงชนะเลิศ ที่ มารากานัง, รีโอเดจาเนโร. สองทีมที่ดีที่สุดจากแต่ละกลุ่มจะได้ผ่านเข้าสู่รอบแพ้คัดออกเพื่อที่จะแข่งขันในสไตล์ทัวร์นาเมนต์ นัดเดียวรู้ผล. นัดชิงอันดับที่สามประกอบไปด้วยการลงสนามระหว่างสองทีมที่พ่ายแพ้จากรอบรองชนะเลิศ.ในรอบแพ้คัดออก (ประกอบไปด้วย รอบชิงชนะเลิศ), ถ้านัดหนึ่งจบเกมใน 90 นาที, ต่อเวลาพิเศษ ของสองช่วงเวลา (แต่ละ 15 นาที) ที่ลงสนาม. ถ้าผลการแข่งขันจบหลังต่อเวลาพิเศษ, การแข่งขันจะถูกตัดสินโดย ยิงลูกโทษ.