การแข่งขันฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ประเภท ก. ประจำปี พ.ศ. 2549 จัดขึ้นโดยนำทีมสโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยกรุงเทพ แชมป์ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก ฤดูกาลพ.ศ. 2548 - 2549 กับ ทีมสโมสรฟุตบอลโอสถสภา เอ็ม-150 รองแชมป์ เพียงนัดเดียว โดยผู้ชนะจะได้ครอบครองถ้วยพระราชทาน ก. เป็นเวลา 1 ปี