เอเอฟซี รอบที่ 3 เป็นส่วนหนึ่งของ ฟุตบอลโลก 2010 รอบคัดเลือก ได้จับฉลากแบ่งกลุ่มการแข่งขันที่เมืองเดอร์บัน ประเทศแอฟริกาใต้ ในวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2550 โดยรอบนี้ได้เริ่มการแข่งขันในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2551 และสิ้นสุดในวันที่ 22 มิถุนายน พ.ศ. 2551โดยทีมสองอันดับแรกในแต่ละกลุ่มจะผ่านเข้าสู่รอบที่ 4 โดยจะนำ 10 ทีมที่ได้ไปแบ่งเป็น 2 กลุ่ม กลุ่มละ 5 ทีม