มีการกล่าวอ้างมานานแล้วว่าภาษากอนกานีเป็นสำเนียงของภาษามราฐีและไม่ใช่ภาษาเอกเทศ ซึ่งมีเหตุผลหลายประการ ได้แก่ ความใกล้เคียงระหว่างภาษามราฐีและภาษากอนกานี ความใกล้เคียงทางภูมิศาสตร์ระหว่างกัวและมหาราษฏระ อิทธิพลอย่างชัดเจนของภาษามราฐีต่อภาษากอนกานีสำเนียงที่ใช้พูดในรัฐมหาราษฏระ การที่ภาษากอนกานีมีวรรณกรรมน้อยและชาวกอนกานีที่นับถือศาสนาฮินดูจะใช้ภาษามราฐีเป็นภาษาที่สอง ทำให้งานเขียนของ Jose Pereira ใน พ.ศ. 2514 กล่าวว่าภาษากอนกานีเป็นสำเนียงของภาษามราฐี งานเขียนของ S. M. Katre ใน พ.ศ. 2509 ได้ใช้การศึกษาทางประวัติศาสตร์สมัยใหม่และเปรียบเทียบสำเนียงของภาษากอนกานีหกสำเนียงได้สรุปว่าจุดกำเนิดของภาษากอนกานีต่างจากภาษามราฐี เศนอย โคเอมพับ ผู้มีบทบาทสำคัญในการฟื้นฟูภาษากอนกานี ได้ต่อต้านการใช้ภาษามราฐีในหมู่ชาวฮินดูและการใช้ภาษาโปรตุเกสในหมู่ของชาวคริสต์

การรวมของกัวเข้ากับอินเดียเมื่อ พ.ศ. 2504 เป็นเวลาที่รัฐในอินเดียมีการจัดตัวใหม่ตามเส้นแบ่งทางภาษา มีความต้องการที่จะรวมกัวเข้ากับรัฐมหาราษฏระเพราะในกัวมีผู้พูดภาษามราฐีจำนวนมาก และภาษากอนกานีถูกจัดให้เป็นสำเนียงของภาษามราฐี ดังนั้นสถานะของภาษากอนกานีในฐานะภาษาเอกเทศหรือเป็นสำเนียงของภาษามราฐีจึงเป็นหัวข้อทางการเมืองในการรวมรัฐกัวด้วย

องค์กรวิชาการสาหิตยะในอินเดียยอมรับภาษากอนกานีในฐานะภาษาเอกเทศเมื่อ พ.ศ. 2518 และภาษากอนกานีที่เขียนด้วยอักษรเทวนาครีได้เป็นภาษาราชการของกัวใน พ.ศ. 2530