ภาษากอนกานีเขียนด้วยอักษณหลายชนิด ทั้ง อักษรเทวนาครี อักษรโรมัน (เริ่มสมัยอาณานิคมของโปรตุเกส) อักษรกันนาดา ใช้ในเขตมันกาลอร์ และชายฝั่งของรัฐการณาฏกะ อักษรอาหรับในหมู่ผู้นับถือศาสนาอิสลามที่เรียกว่า ภัทกาลี ชนกลุ่มนี้หันมานับถือศาสนาอิสลามในสมัยสุลต่านทิบบู อยู่ในเขตรัฐการณาฏกะ มีผู้เขียนด้วยอักษรมลยาฬัมกลุ่มเล็ก ๆ ในเกราลา แต่ปัจจุบันเริ่มหันมาใช้อักษรเทวนาครีแทน

การเขียนและหัวข้อเรื่องสำเนียง

ปัญหาทางด้านการใช้ระบบการเขียนหลายชนิดและสำเนียงที่ต่างกันกลายเป็นปัญหาสำคัญในการทำให้ภาษากอนกานีเป็นเอกภาพ การตัดสินใจให้ใช้อักษรเทวนาครีเป็นอักษรทางการและให้สำเนียงอันตรุซเป็นสำเนียงมาตรฐานทำให้มีข้อโต้แย้งตามมา สำเนียงอันตรุซเป็นสำเนียงที่ชาวกัวส่วนใหญ่ไม่เข้าใจและต่างจากภาษากอนกานีสำเนียงอื่น และอักษรเทวนาครีมีการใช้น้อยเมื่อเทียบกับอักษรโรมันในกัวและอักษรกันนาดาในบริเวณชายฝั่งของรัฐกรนาฏกะ ชาวคริสต์คาทอลิกในกัวได้ใช้อักษรโรมันในการเขียนงานวรรณกรรมและต้องการให้อักษรโรมันเป็นอักษรทางการเทียบเท่าอักษรเทวนาครี

ในกรนาฏกะที่มีผู้พูดภาษากอนกานีจำนวนมาก ได้มีการจัดกิจกรรมเพื่อรณรงค์ให้ใช้อักษรกันนาดาเขียนภาษากอนกานีในโรงเรียนท้องถิ่นแทนอักษรเทวนาครี ในปัจจุบันไม่มีอักษรชนิดใดหรือสำเนียงใดเป็นที่เข้าใจหรือได้รับการยอมรับจากทุกส่วน การที่ขาดสำเนียงที่เป็นกลางและเข้าใจกันได้ทั่วไป ทำให้ผู้พูดภาษากอนกานีต่างสำเนียงกันต้องสื่อสารกันด้วยภาษาอื่น