ภาษาสันสกฤตไม่มีอักษรสำหรับเขียนชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ และก็คล้ายกับภาษาอื่นหลายภาษา นั่นคือสามารถเขียนได้ด้วยอักษรหลายชนิด อักษรเก่าแก่ที่ใช้เขียนภาษาสันสกฤตมีหลายชนิดด้วยกัน เช่น อักษรขโรษฐี (Kharosthī) หรืออักษรคานธารี (Gāndhārī) นอกจากนี้ยังมีอักษรพราหมี (อักษรทั้งสองแบบพบได้ที่จารึกบนเสาอโศก) อักษรรัญชนา ซึ่งนิยมใช้จารึกคัมภีร์ทางพระพุทธศาสนาในอินเดียเหนือและเนปาล รวมถึง อักษรสิทธัม ซึ่งใช้บันทึกคัมภีร์พุทธศาสนารวมถึงบทสวดภาษาสันสกฤตในประเทศจีนและญี่ปุ่นโดยเฉพาะในนิกายมนตรยาน อย่างไรก็ตาม โดยทั่วไปนิยมเขียนภาษาสันสกฤตด้วยอักษรเทวนาครี (Devanāgarī) ส่วนอักษรอื่น ๆ เป็นความนิยมในแต่ละท้องถิ่น ทั้งนี้เนื่องจากอักษรที่ใช้ในอินเดีย มักจะเป็นตระกูลเดียวกัน จึงสามารถดัดแปลงและถ่ายทอด (transliteration) ระหว่างชุดอักษรได้ง่าย

แม้กระทั่งในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ยังมีจารึกภาษาสันสกฤตที่ใช้ อักษรปัลลวะ อักษรขอม นอกจากนี้ชาวยุโรปยังใช้อักษรโรมันเขียนภาษาสันสกฤต โดยเพิ่มเติมจุดและเครื่องหมายเล็กน้อยเท่านั้น