ภาษาอินโดนีเซียเป็นภาษามลายูสมัยใหม่ มีคำยืมจากภาษาต่าง ๆ มากมาย เช่น ภาษาสันสกฤต ภาษาอาหรับ (รวมภาษาเปอร์เซียและภาษาฮีบรู) ภาษาดัตช์ ภาษาโปรตุเกส ภาษาจีน และภาษาตระกูลออสโตรนีเซียนอื่น ๆ อย่างไรก็ตาม คำส่วนใหญ่มาจากรากศัพท์ของภาษาตระกูลออสโตรนีเซียน

คำที่ยืมจากภาษาสันสกฤตได้รับอิทธิพลจากศาสนาพุทธและศาสนาฮินดู มีทั้งที่ยืมจากภาษาสันสกฤตโดยตรงและยืมผ่านภาษาชวา คำจากภาษาสันสกฤตส่วนใหญ่เข้ามาเป็นพื้นฐานของศัพท์ภาษาอินโดนีเซียจนไม่รู้สึกว่เป็นศัพท์ภาษาต่างประเทศ ส่วนคำยืมจากภาษาอาหรับนั้น ได้รับอิทธิพลจากศาสนาอิสลาม การแปลคัมภีร์ไบเบิลยุคแรก ๆ จะใช้คำจากภาษาอาหรับแทนที่คำเฉพาะที่เป็นภาษาฮีบรู แต่ปัจจุบันเริ่มหันไปใช้คำจากภาษากรีกหรือคำจากภาษาฮีบรูมากขึ้น ตัวอย่างเช่น คำว่าพระเยซู เดิมใช้ว่า Isa แบบอาหรับ ปัจจุบันใช้ว่า Yesus

คำยืมจากภาษาโปรตุเกสเป็นคำทั่วไป ซึ่งเกี่ยวข้องกับการที่ชาวโปรตุเกสเป็นชาวยุโรปกลุ่มแรกที่เข้ามาถึงหมู่เกาะเครื่องเทศ คำยืมจากภาษาจีน มักเป็นศัพท์เกี่ยวกับการค้าหรือสิ่งของที่มาจากจีน คำยืมจากภาษาดัตช์เป็นผลจากการที่เคยเป็นอาณานิคมของเนเธอร์แลนด์มาก่อน คำยืมกลุ่มนี้มักมีลำดับพยัญชนะที่ยากต่อการออกเสียง ซึ่งแก้ปัญหาโดยการแทรกเสียงสระเข้าไป เช่น schroef (สครุฟ) จากภาษาดัตช์ เป็น sekrup (เซอกรุป) ในภาษาอินโดนีเซีย

เนื่งจากมีคำยืมจากหลายภาษาจึงมีคำที่มีความหมายเหมือนกันมาก เช่นคำว่า "หนังสือ" มีถึง 3 คำ คือ pustaka จากภาษาสันสกฤต kitab จากภาษาอาหรับ และ buku จากภาษาดัตช์ ความหมายของทั้ง 3 คำนี้ต่างกันเล็กน้อย pustaka ใช้กับหนังสือเกี่ยวกับเรื่องราวโบราณ หรือความรู้ในวงจำกัด ถ้าอยู่ในรูป perpustakaan หมายถึงห้องสมุด kitab ใช้กับหนังสือทางศาสนา เช่น alkitab หมายถึงคัมภีร์ไบเบิล buku ใช้เรียกหนังสือทั่วไป