ภาษาอินโดนีเซียเขียนด้วยอักษรละติน การออกเสียงพยัญชนะใกล้เคียงกับภาษาอิตาลี การสะกดอาจสร้างความสับสนบ้างเนื่องมาจากการเปลี่ยนแปลงตัวสะกดเมื่ออินโดนีเซียได้รับเอกราช ได้แก่ การเปลี่ยนจาก oe เป็น u เมื่อ พ.ศ. 2490 และกรารเปลี่ยน tj เป็น c dj เป็น j nj เป็น ny sj เป็น sy ch เป็น kh เมื่อ พ.ศ. 2515 การสะกดแบบเก่าได้อิทธิพลจากภาษาดัตช์ และใช้กับชื่อเฉพาะที่สะกดมาก่อนหน้านั้น เช่นชื่อประธานาธิบดีซูฮาร์โต สะกดว่า Soeharto (oe ในภาษาดัตช์ออกเสียง อู) และยอกยาการ์ตา ปัจจุบันเขียน Yogyakarta แต่บางครั้งเขียนว่า Jogjakarta (j ในภาษาดัตช์ออกเสียง ย)