ภาษาถิ่นมีการแสดงอย่างชัดเจนในบางกรณี มีข้อแตกต่างที่สังเกตเห็นได้ระหว่างคนพูดจากเมืองพนมเปญ (เมืองหลวง) และเมืองพระตะบองในชนบท โดยภาษาเขมรจะแบ่งเป็นภาษาถิ่นได้ 5 ถิ่น ได้แก่

• สำเนียงพระตะบอง พูดทางแถบภาคเหนือของประเทศกัมพูชา
• สำเนียงพนมเปญ เป็นสำเนียงกลางของกัมพูชา โดยจะพูดในพนมเปญและจังหวัดโดยรอบเท่านั้น
• สำเนียงเขมรบน หรือ ภาษาเขมรถิ่นสุรินทร์ พูดโดยชาวไทยเชื้อสายเขมรในแถบอีสานใต้ โดยเฉพาะในจังหวัดสุรินทร์ จังหวัดบุรีรัมย์ จังหวัดศรีสะเกษ จังหวัดร้อยเอ็ด จังหวัดอุบลราชธานี เป็นต้น
• สำเนียงแขมรกรอม หรือ ภาษาเขมรถิ่นใต้ พูดโดยชาวเขมรที่อาศัยแถบสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขงในประเทศเวียดนาม
• สำเนียงตะวันตก หรือ ภาษาเขมรถิ่นจันทบุรี ถือเป็นภาษาถิ่นที่ใช้พูดทางภาคตะวันตกของประเทศกัมพูชาบริเวณทิวเขาบรรทัด มีผู้ใช้จำนวนน้อย

ลักษณะของสำเนียงในพนมเปญ คือการออกเสียงอย่างไม่เคร่งครัด โดยที่บางส่วนของคำจะนำมารวมกัน หรือตัดออกไปเลย เช่น "พนมเปญ" จะกลายเป็น"อึม.เปญ" อีกลักษณะหนึ่งของสำเนียงในพนมเปญ ปรากฏในคำที่มีเสียง r/ร เป็นพยัญชนะที่ 2 ในพยางค์แรก กล่าวคือ จะไม่ออกเสียง r/ร ออกเสียงพยัญชนะตัวแรกแข็งขึ้น และจะอ่านให้มีระดับเสียงตก เช่นเดียวกับวรรณยุกต์เสียงโท ตัวอย่างเช่น "trej" ("เตรย" แปลว่า "ปลา") อ่านเป็น "เถ็ย" (โดย d จะกลายเป็น t และมีสระคล้ายเสียง "เอ" และเสียงสระจะสูงขึ้น) อีกตัวอย่างหนึ่งคือ คำว่า "ส้ม" ออกเสียงว่า kroic โกรจ ในชนบท ส่วนในเมืองออกเสียงเป็น khoic" โขจ