หลักการสำคัญประการหนึ่งของมหายานอยู่ที่หลักเรื่อง ตรีกาย อันหมายถึงพระกายทั้ง 3 ของพระพุทธเจ้า ในกายตรัยสูตรของมหายาน พระอานนท์ทูลถามถึงเรื่องพระกายของพระพุทธเจ้า พระพุทธเจ้าจึงตรัสแก่พระอานนท์ว่า ตถาคตมีกายเป็น 3 สภาวะคือตรีกาย อันได้แก่

• นิรมาณกาย หมายถึง กายที่เปลี่ยนแปลงได้ตามสภาพของสังขารในฐานะที่เป็นมนุษย์ พระศากยมุนีผู้ท่องเที่ยวอยู่บนโลก สั่งสอนธรรมแก่สาวกของพระองค์ และดับขันธปรินิพพานเมื่อพระชนมายุได้ 80 พรรษา
• สัมโภคกาย หมายถึง กายที่ประทับในแดนพุทธเกษตรต่างๆ มีลักษณะเป็นทิพย์ มีอายุที่ยืนยาวมากดุจความเป็นนิรันดร์ และมีภาวะรุ่งเรืองแผ่ซ่านปรากฏแก่พระโพธิสัตว์ทั้งหลาย
• ธรรมกาย หมายถึง กายอันไร้รูปร่างเป็นสภาวธรรม ในฐานะเป็นสภาพสูงสุด หลักแห่งความรู้, ความกรุณา และความสมบูรณ์

มหายานชั้นแรกดูเหมือนจะมีทัศนะตรงกับเถรวาทที่ว่า พระพุทธเจ้ามีพระกายเพียง 2 เท่านั้นคือ ธรรมกาย และนิรมานกาย ธรรมกายนั้นมีพระพุทธวจนะที่ตรัสโดยตรงในบาลีอัคคัญญสูตรแห่งทีฆนิกาย ส่วนนิรมาณกายนั้นได้แก่พระกายของพระศาสดาที่ประกอบด้วยขันธ์ 5 ในคัมภีร์ฝ่ายมาธยมิกชั้นแรก ก็ยังไม่พบกายที่ 3 ธรรมกาย ตามนัยแห่งเถรวาทหมายถึงพระคุณทั้ง 3 ของพระพุทธเจ้า อันได้แก่ พระปัญญาคุณ, พระวิสุทธิคุณ และพระมหากรุณาธิคุณ มหายานได้สร้างแนวความคิดตรีกายขึ้นด้วยวิธีเพิ่มกายอีกกายหนึ่งเข้าไป คือ สัมโภคกาย ซึ่งเป็นกายของพระพุทธองค์อันสำแดงปรากฏให้เห็นเฉพาะหมู่ พระโพธิสัตว์ มหาสัตว์ เป็นทิพยภาวะมีรัศมีรุ่งเรืองแผ่ซ่านทั่วไป เพราะฉะนั้น แม้จนกระทั่งบัดนี้ พระโพธิสัตว์ก็ยังอาจจะเห็นพระศากยมุนีพุทธเจ้าได้ในรูปสัมโภคกาย พระพุทธองค์ยังทรงอาจสดับคำสวดมนต์ต์ของเรา แม้พระองค์จะดับขันธปรินิพพานไปแล้วก็ดี ทั้งนี้ก็ด้วยการดับขันธปรินิพพานนั้นเป็นเพียงการสำแดงให้เห็นปรากฏในรูปนิรมานกายเท่านั้น ส่วน ธรรมกาย นั้น ก็เป็นสภาวะอมตะ ไร้รูปร่างลักษณะ เป็นอจินไตย(นึกคิดหรือเดาไม่ได้หรืออยู่นอกเหนือความคิดออกไป) ไม่มีเบื้องต้น ท่ามกลาง ที่สุด แผ่คลุมอยู่ทั่วไป ความคิดเรื่องสัมโภคกายนี้ มหายานได้รับจากนิกายมหาสังฆิกะ และในหมู่คณาจารย์ของมหายานก็ไม่มีความเห็นพ้องกันในเรื่องนี้