หากเดินทางจากกรุงเทพมหานคร ตามทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 117 (นครสวรรค์ - พิษณุโลก) มหาวิทยาลัยนเรศวรจะตั้งอยู่ทางขวามือช่วงกิโลเมตรที่ 117 - 118 สำหรับการเดินทางจากภายในตัวเมืองพิษณุโลกมาที่มหาวิทยาลัยนเรศวรนั้น สามารถทำได้โดย

• รถโดยสารประจำทาง สาย 12 (สองแถวป้ายสีฟ้าและสีแดง) ซึ่งจะมีจุดจอดอยู่ที่ สถานีรถไฟและสถานีขนส่งพิษณุโลก
• รถสามล้อรับจ้าง
• รถแท๊กซี่รับจ้าง

ส่วนจุดจอดรถโดยสารประจำทาง สาย 12 ในมหาวิทยาลัยนั้นจะจอดที่ป้ายรถโดยสารประจำทางเยื้องหอพักอาจารย์ มน.นิเวศ 7,8

สำหรับการเดินทางภายในมหาวิทยาลัยจะมี "โครงการขนส่งมวลชนมหาวิทยาลัยนเรศวร (ขสมน.)" ซึ่งเป็นรถประหยัดพลังงานที่ขับเคลื่อนด้วยพลังงานไฟฟ้าบริการรอบมหาวิทยาลัยโดยไม่คิดค่าใช้จ่ายตั้งแต่เวลา 7.00 น. ถึง 21.00 น.