นับแต่แรกเริ่มก่อตั้งมหาวิทยาลัยนเรศวร พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในการประกอบพิธีต่าง ๆ ในกิจการของมหาวิทยาลัยนเรศวร และพระราชทานปริญญาบัตรแก่บัณฑิต มหาบัณฑิต และดุษฎีบัณฑิตของมหาวิทยาลัยนเรศวรเป็นประจำทุกปี

เมื่อ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จขึ้นทรงราชย์ สืบราชสมบัติต่อจากสมเด็จพระบรมชนกนาถ ก็ยังทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในการพระราชทานปริญญาบัตรแก่บัณฑิต มหาบัณฑิต และดุษฎีบัณฑิตของมหาวิทยาลัยนเรศวรสืบมาจวบจนกาลปัจจุบัน โดยพิธีพระราชทานปริญญาบัตรของมหาวิทยาลัยจัดขึ้น ณ ห้องพระราชทานปริญญาบัตร อาคารอเนกประสงค์ มหาวิทยาลัยนเรศวร

ครุยวิทยฐานะ เข็มวิทยฐานะ และครุยประจำตำแหน่ง

มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้กำหนดครุยวิทยฐานะ เข็มวิทยฐานะ และครุยประจำตำแหน่ง ไว้เป็นชุดพิธีการสำหรับสำหรับใช้ในพิธีพระราชทานปริญญาบัตร ดังนี้

• ครุยวิทยฐานะ
  • ครุยดุษฎีบัณฑิต เป็นครุยพื้นผ้าโปร่งสีขาว มีสำรดรอบขอบและที่ปลายแขน พื้นสำรดทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง 10 เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็นแถบสีประจำมหาวิทยาลัย กว้าง 2 เซนติเมตร ทับทั้งสองข้างและถัดมาอีกเป็นแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางสำรดเป็นพื้นสักหลาดสีดำ กว้าง 2 เซนติเมตร ที่ต้นแขนมีสำรดรอบต้นแขน พื้นสำรดทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง 10 เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็นแถบสีเทา กว้าง 1 เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางมีแถบทับสีแสด กว้าง 1 เซนติเมตร จำนวน 3 แถบ โดยห่างจากแถบสีเทา 1 เซนติเมตร และระหว่างแถบสีแสดห่างกัน 0.5 เซนติเมตร
  • ครุยมหาบัณฑิต มีลักษณะเช่นเดียวกับครุยดุษฎีบัณฑิต แต่สำรดรอบต้นแขนพื้นสำรดทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง 10 เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็นแถบสีเทา กว้าง 1 เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางมีแถบทับสีแสด กว้าง 1.5 เซนติเมตร จำนวน 2 แถบ โดยห่างจากแถบสีเทา 1 เซนติเมตร และระหว่างแถบสีแสดห่างกัน 1 เซนติเมตร
  • ครุยบัณฑิต มีลักษณะเช่นเดียวกับครุยมหาบัณฑิต แต่สำรดรอบต้นแขน พื้นสำรดทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง 10 เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็นแถบสีเทา กว้าง 1 เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางมีแถบทับสีแสด กว้าง 2 เซนติเมตร จำนวน 2 แถบ โดยห่างจากแถบสีเทา 2 เซนติเมตร
• เข็มวิทยฐานะ เข็มวิทยฐานะของมหาวิทยาลัยนเรศวร เป็นตรามหาวิทยาลัยซึ่งมีลักษณะเป็นพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ในท่าประทับนั่ง พระหัตถ์ขวาทรงสุวรรณภิงคารหลั่งทักษิโณทก ประกาศอิสรภาพ ตอนล่างพระแท่นมีอักษรชื่อมหาวิทยาลัยนเรศวรอยู่ภายในป้ายชายธง และมีอักษรย่อสำหรับสาขาวิชา ทำด้วยโลหะสีเงิน สูง 5 เซนติเมตร ติดตามทางดิ่งกลางสำรดบนแถบสักหลาดตอนหน้าอกทั้งสองข้าง
• ครุยประจำตำแหน่ง
  • นายกสภามหาวิทยาลัย อุปนายกสภามหาวิทยาลัย และอธิการบดี เป็นครุยพื้นผ้าโปร่งสีขาว มีสำรดรอบขอบและที่ต้นแขนกับปลายแขน พื้นสำรดทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง 10 เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้างถัดมาเป็นแถบสีเทา กว้าง 2 เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง และถัดมาอีกเป็นแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับทั้งสองข้าง ตอนกลางสำรดมีแถบทับสีแสด กว้าง 2 เซนติเมตร และมีตรามหาวิทยาลัยซึ่งมีลักษณะเป็นพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ในท่าประทับนั่ง พระหัตถ์ขวาทรงสุวรรณภิงคารหลั่งทักษิโณทก ประกาศอิสรภาพ ตอนล่างพระแท่นมีอักษรชื่อมหาวิทยาลัยนเรศวรอยู่ภายในป้ายชายธง ทำด้วยโลหะสีทองสูง 5 เซนติเมตร ติดตามทางดิ่งกลางสำรดบนแถบสักหลาดตอนหน้าอกทั้งสองข้าง และมีสายสร้อยทำด้วยโลหะสีทอง พร้อมด้วยเครื่องหมายประจำคณะต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยตามแบบที่สภามหาวิทยาลัยกำหนดประดับระหว่างตรามหาวิทยาลัยทั้งสองข้าง
  • กรรมการสภามหาวิทยาลัย มีลักษณะเช่นเดียวกับครุยประจำตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัย อุปนายกสภามหาวิทยาลัย และอธิการบดี แต่ไม่มีสายสร้อยประดับ
  • คณาจารย์ของมหาวิทยาลัย เป็นครุยพื้นผ้าโปร่งสีขาว มีสำรดรอบขอบและที่ต้นแขนกับปลายแขน พื้นสำรดทำด้วยสักหลาดสีดำ กว้าง 10 เซนติเมตร มีแถบทอง กว้าง 1 เซนติเมตร ทับบนริมทั้งสองข้าง ถัดมาเป็นแถบทอง กว้าง 0.5 เซนติเมตร จำนวน 2 แถบ ทับทั้งสองข้าง ระหว่างแถบทองห่างกัน 0.5 เซนติเมตร ตอนกลางสำรดเป็นแถบสีประจำมหาวิทยาลัย ด้านในเป็นแถบทับสีเทา กว้าง 1 เซนติเมตร ด้านนอกเป็นแถบทับสีแสด กว้าง 1 เซนติเมตร และมีตรามหาวิทยาลัยซึ่งมีลักษณะเป็นพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ในท่าประทับนั่ง พระหัตถ์ขวาทรงสุวรรณภิงคารหลั่งทักษิโณทก ประกาศอิสรภาพ ตอนล่างพระแท่นมีอักษรชื่อมหาวิทยาลัยนเรศวรอยู่ภายในป้ายชายธง ทำด้วยโลหะสีทอง สูง 5 เซนติเมตร ติดตามทางดิ่งกลางสำรดบนแถบสักหลาดตอนหน้าอกทั้งสองข้าง

• แถบสำรด
  ครุยคณะกรรมการสภามหาวิทยาลัย
  และอธิการบดี
• แถบสำรด
  ครุยคณาจารย์ประจำมหาวิทยาลัย
• แถบสำรด
  ครุยวิทยฐานะ
• แถบสำรดรอบต้นแขน
  ครุยดุษฎีบัณฑิต
• แถบสำรดรอบต้นแขน
  ครุยมหาบัณฑิต
• แถบสำรดรอบต้นแขน
  ครุยบัณฑิต