ในปี พ.ศ. 2549 สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ได้ดำเนินการจัดอันดับมหาวิทยาลัยของประเทศไทยใน "โครงการฐานข้อมูลออนไลน์เพื่อประเมินศักยภาพของมหาวิทยาลัยไทย"[25] โดยในภาพรวมด้านการวิจัยนั้น มหาวิทยาลัยนเรศวรได้รับการจัดอันดับให้เป็นมหาวิทยาลัยระดับดีเยี่ยมและเป็นมหาวิทยาลัยอันดับ 9 ของประเทศไทย[2]

นอกจากนี้แล้ว การจัดอันดับโดย เว็บโอเมตริกซ์ (Webometrics) ซึ่งจัดทำขึ้นเพื่อแสดงความตั้งใจของสถาบันต่าง ๆ ในการเผยแพร่ความรู้สู่เว็บ และเป็นความริเริ่มเพื่อส่งเสริมการเข้าถึงความรู้อย่างเปิดกว้าง (Open Access) ทั่วโลก โดยบ่งบอกถึงปริมาณและคุณภาพของสิ่งตีพิมพ์อิเล็กทรอนิกส์ของสถาบัน เพื่อใช้ร่วมกับตัวชี้วัดอื่น ๆ ในการประเมินผลงานวิจัยของสถาบัน ซึ่งทางเว็บโอเมตริกซ์ได้จัดอันดับปีละ 2 ครั้งในเดือนมกราคม และกรกฎาคม ล่าสุดเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2556 มหาวิทยาลัยนเรศวรอยู่ในอันดับที่ 4 ของมหาวิทยาลัยส่วนภูมิภาค โดยเป็นอันดับที่ 9 ของมหาวิทยาลัยในประเทศไทย อันดับ 15 ของมหาวิทยาลัยในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ และอันดับ 605 ของมหาวิทยาลัยทั่วโลก[3]