มหาวิทยาลัยมหิดล มีที่ตั้งในหลายพื้นที่ ได้แก่ [40]

• มหาวิทยาลัยมหิดล กรุงเทพมหานคร ได้แก่
  • มหาวิทยาลัยมหิดล บางกอกน้อย ตั้งอยู่ ณ แขวงศิริราช เขตบางกอกน้อย เป็นที่ตั้งของคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล คณะพยาบาลศาสตร์ และคณะเทคนิคการแพทย์
  • มหาวิทยาลัยมหิดล พญาไท ตั้งอยู่ ณ แขวงทุ่งพญาไท เขตราชเทวี มี 3 บริเวณย่อย ได้แก่
    • บริเวณถนนพระรามที่ 6 เป็นที่ตั้งของคณะวิทยาศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี ศูนย์ตรวจสอบสารต้องห้ามในนักกีฬา และคณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
    • บริเวณถนนราชวิถี เป็นที่ตั้งของคณะสาธารณสุขศาสตร์ คณะเวชศาสตร์เขตร้อน และคณะทันตแพทยศาสตร์
    • บริเวณถนนศรีอยุธยา เป็นที่ตั้งของคณะเภสัชศาสตร์
  • วิทยาลัยการจัดการ มหาวิทยาลัยมหิดล ตั้งอยู่ ณ แขวงสามเสนใน เขตพญาไท
  • ศูนย์กายภาพบำบัด คณะกายภาพบำบัด มหาวิทยาลัยมหิดล ตั้งอยู่ ณ แขวงบางยี่ขัน เขตบางพลัด
• มหาวิทยาลัยมหิดล ศาลายา ตั้งอยู่ ณตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม เป็นที่ตั้งของคณะกายภาพบำบัด คณะเทคนิคการแพทย์ คณะวิทยาศาสตร์ คณะวิศวกรรมศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ คณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร คณะสิ่งแวดล้อมและทรัพยากรศาสตร์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ คณะศิลปศาสตร์ บัณฑิตวิทยาลัย วิทยาลัยดุริยางคศิลป์ วิทยาลัยนานาชาติ วิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการกีฬา วิทยาลัยราชสุดา วิทยาลัยศาสนศึกษา โรงเรียนพยาบาลรามาธิบดี คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล โรงแรม Salaya Pavilion โรงเรียนสาธิตนานาชาติ มหาวิทยาลัยมหิดล และหน่วยงานต่างๆ
• สถาบันการแพทย์จักรีนฤบดินทร์ คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล ณ ตำบลบางปลา อำเภอบางพลี จังหวัดสมุทรปราการ
• มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตกาญจนบุรี ตั้งอยู่ ณ ตำบลลุ่มสุ่ม อำเภอไทรโยค จังหวัดกาญจนบุรี
• มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตนครสวรรค์ ตั้งอยู่ ณ ตำบลเขาทอง อำเภอพยุหะคีรี จังหวัดนครสวรรค์
• มหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตอำนาจเจริญ ตั้งอยู่ ณ ตำบลโนนหนามแท่ง อำเภอเมืองอำนาจเจริญ จังหวัดอำนาจเจริญ