มหาวิทยาลัยมหิดล ถือกำเนิดขึ้นเพื่อจัดการเรียนการสอน สร้างงานด้านวิชาการ การวิจัย และการบริการแก่สังคมไทยมานานกว่า 74 ปี พัฒนาการทางประวัติศาสตร์อันยาวนานของมหาวิทยาลัยได้เดินทางไปพร้อมกับการสั่งสมคุณค่าทางปัญญานานัปการ จนเป็นที่ยอมรับในวงวิชาการของไทยและนานาชาติอย่างต่อเนื่องมหาวิทยาลัยเล็งเห็นถึงความสำคัญของการอนุรักษ์คุณค่าทางประวัติศาสตร์และพัฒนาการของมหาวิทยาลัย จึงมีนโยบายพัฒนางานจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ขึ้นอย่างเป็นระบบ โดยสนับสนุนการทำงานเป็นเครือข่าย และสร้างความร่วมมือระหว่างภาคีงานจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหิดลมีหอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ที่เปิดให้บริการเพื่อเป็นประโยชน์ในการศึกษาและเผยแพร่เกียรติคุณของมหาวิทยาลัยให้เป็นที่ประจักษ์สืบไป [52]

หอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ พื้นที่ศาลายา

หอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ พื้นที่บางกอกน้อย

• พิพิธภัณฑ์พยาธิวิทยาเอลลิส
• พิพิธภัณฑ์นิติเวชศาสตร์ สงกรานต์ นิยมเสน
• พิพิธภัณฑ์และห้องปฏิบัติการเรื่องราวก่อนประวัติศาสตร์ สุด แสงวิเชียร
• พิพิธภัณฑ์ปรสิตวิทยา
• พิพิธภัณฑ์กายวิภาคศาสตร์คองดอน
• พิพิธภัณฑ์สัมผัส เฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระบรมราชินีนาถ
• ห้องสมเด็จพระบรมราชชนก
• ห้องมหิดลอดุลเดช หอสมุดศิริราช
• หอจดหมายเหตุศิริราช คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล
• พิพิธภัณฑ์การพยาบาลไทย คณะพยาบาลศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล
• พิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถาน

หอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ พื้นที่พญาไท

• พิพิธภัณฑ์สตางค์ มงคลสุข
• หอเกียรติยศนักวิทยาศาสตร์ดีเด่น
• หอเกียรติยศอาจารย์ดีเด่น
• พิพิธภัณฑ์ยุงและคลังตัวอย่างแมลงและสัตว์ขาข้อ
• เส้นทางศึกษาชีววิทยาและธรณีศาสตร์
• พิพิธภัณฑ์เครื่องมือวิทยาศาสตร์
• พิพิธภัณฑ์หอย
• หอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์รามาธิบดี
• สิรินธรทันตพิพิธ
• พิพิธภัณฑ์การเรียนรู้โรคเขตร้อน
• พิพิธภัณฑ์พืชสมุนไพร

หอจดหมายเหตุและพิพิธภัณฑ์ วิทยาเขตกาญจนบุรี

• พิพิธภัณฑ์พืชแห่งภาคตะวันตก