ระดับปริญญาตรี

• ระบบรับตรง (โควตา) มหาวิทยาลัยดำเนินการรับนักเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 ของโรงเรียนทั่วประเทศไทย เฉพาะคณะครุศาสตร์และสาขาสาธารณสุขศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีใช้วิธีการสอบเข้ามีทั้งหมด 3 รอบ สำหรับคณะอื่นๆจะใช้วิธีการสมัครเข้าศึกษาต่อได้ในโควตารอบที่ 1 และ 2 ส่วนโควตารอบที่ 3 จะต้องสอบเข้าเหมือนคณะครุศาสตร์
• โครงการพิเศษ รับนักศึกษาที่มีความสามารถพิเศษทางด้านกีฬา นาฏศิลป์ และดนตรี

ระดับปริญญาโท

• ระบบรับตรง (โควตา) ผู้สนใจศึกษาต่อในระดับปริญญาโทสามารถสมัครด้วยตนเอง หรือทางไปรษณีย์ โดยสมัครที่บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยราชภัฏอุตรดิตถ์ มีรอบสมัครทั้งหมด 3 รอบ และจะต้องผ่านการสอบสัมภาษณ์จึงจะเข้าศึกษาต่อได้ โดยมีหลักสูตรที่เปิดสอนดังนี้

คณะครุศาสตร์

• หลักสูตรครุศาสตรมหาบัณฑิต
• สาขาวิชาการบริหารการศึกษา
• สาขาวิชาหลักสูตรและการสอน

คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

• หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต
• สาขาวิชาคณิตศาสตร์
• สาขาวิชาการจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

คณะวิทยาการจัดการ

• หลักสูตรบัญชีมหาบัณฑิต

• สาขาวิชาบัญชี

• หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต

• สาขาวิชาบริหารธุรกิจ

คณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรม

• หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต

• สาขาวิชาการจัดการวิศวกรรม
• หลักสูตรเทคโนโลยีสำรวจและภูมิสารสนเทศ

ระดับปริญญาเอก

• ระบบรับตรง (โควตา) ผู้สนใจศึกษาต่อในระดับ ปริญญาเอกสามารถสมัครด้วยตนเอง หรือทางไปรษณีย์ โดยสมัครที่บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยราชภัฏอุตรดิตถ์ มีรอบสมัครทั้งหมด 3 รอบ และจะต้องผ่านการสอบสัมภาษณ์จึงจะเข้าศึกษาต่อได้ โดยมีหลักสูตรที่เปิดสอนดังนี้
• คณะครุศาสตร์

• หลักสูตรครุศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาวิจัยและประเมินเพื่อพัฒนาการศึกษา

• คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

• หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม