มหาวิทยาลัยศิลปากร เป็น มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ในสังกัด กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม[8] เดิมคือ "โรงเรียนประณีตศิลปกรรม สังกัด กรมศิลปากร" ซึ่งก่อตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2476 โดยหลวงวิจิตรวาทการ (วิจิตร วิจิตรวาทการ) อธิบดีกรมศิลปากรขณะนั้น และ พระสาโรชรัตนนิมมานก์ (สาโรช สุขยางค์) มีศาสตราจารย์ ศิลป์ พีระศรี หรือชื่อเดิม กอร์ราโด เฟโรชี (Corrado Feroci) ชาวอิตาลีซึ่งเดินทางมารับราชการในประเทศไทยในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว เป็นอาจารย์ผู้สอนหลัก โดยใช้พื้นที่วังกลางและวังตะวันออกของ วังท่าพระ ซึ่งในตอนนั้น สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ เสด็จไปประทับตำหนักปลายเนินแล้ว รัฐบาลจึงรับซื้อมาจากทายาทของพระองค์ และทำการเปิดสอนให้แก่ข้าราชการและนักเรียนในสมัยนั้นโดยไม่เก็บค่าเล่าเรียน ต่อมา พ.ศ. 2478 ได้รวมเอาโรงเรียนนาฏดุริยางคศาสตร์ที่ตั้งอยู่วังหน้าไว้ด้วย พร้อมเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น "โรงเรียนศิลปากร"

วันที่ 12 ตุลาคม พ.ศ. 2486 ศาสตราจารย์ พระยาอนุมานราชธน (ยง เสฐียรโกเศศ) อธิบดีกรมศิลปากร ได้พัฒนาหลักสูตรจนได้รับการยกฐานะขึ้นเป็น "มหาวิทยาลัยศิลปากร"[7] เพื่อเป็นสถาบันอุดมศึกษาขั้นสูงทางศิลปะของชาติ โดยมีปณิธานที่จะสร้างสรรค์ศิลปะวิทยาการและภูมิปัญญาเพื่อสังคม พร้อมทั้งจัดตั้งคณะจิตรกรรมและประติมากรรมขึ้นเป็นคณะวิชาแรก (ปัจจุบันคือ คณะจิตรกรรมประติมากรรมและภาพพิมพ์) และใน พ.ศ. 2498 ได้จัดตั้งคณะสถาปัตยกรรมไทย ซึ่งมีศาสตราจารย์ พระพรหมพิจิตร (อู๋ ลาภานนท์) เป็นผู้ก่อตั้ง (ซึ่งต่อมาได้ปรับหลักสูตรและเปลี่ยนชื่อเป็น คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์) และ คณะโบราณคดี จากการวางรากฐานโดย ศาสตราจารย์ หลวงบริบาลบุรีภัณฑ์ (ป่วน อินทุวงศ์) และหลังจากนั้นได้จัดตั้ง คณะมัณฑนศิลป์ ซึ่งได้แยกตัวจากคณะจิตรกรรมและประติมากรรมขึ้นในปีต่อมา

ต่อมาเมื่อผู้แทนของ องค์การการศึกษา วิทยาศาสตร์ และวัฒนธรรมแห่งสหประชาชาติ หรือยูเนสโก (UNESCO) ได้ให้คำแนะนำในการจัดตั้งสถาบันอุดมศึกษาในประเทศไทยให้มีลักษณะสอดคล้องกับหลักการสากล คณะรัฐมนตรีได้พิจารณาโครงการปรับปรุงมหาวิทยาลัยศิลปากร เพื่อขยายการศึกษาวิชาต่าง ๆ โดยไม่จำกัดเฉพาะศิลปะและโบราณคดีเท่านั้น ศาสตราจารย์ หม่อมหลวงปิ่น มาลากุล ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ และอธิการบดีมหาวิทยาลัยศิลปากร จึงได้ดำเนินการจัดตั้ง คณะอักษรศาสตร์ ขึ้นเป็นคณะวิชาลำดับที่ 5 และเป็นคณะวิชาแรกของวิทยาเขตแห่งใหม่ คือ วิทยาเขตพระราชวังสนามจันทร์ ณ พระราชวังสนามจันทร์ จังหวัดนครปฐม โดยเริ่มเปิดสอนนักศึกษารุ่นแรกเมื่อวันพฤหัสบดีที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2511 และคณะอักษรศาสตร์ได้ถือวันดังกล่าวเป็นวันสถาปนาคณะฯ ตลอดมา และได้ทำการจัดตั้ง คณะศึกษาศาสตร์ ขึ้นใน พ.ศ. 2513 คณะวิทยาศาสตร์ ใน พ.ศ. 2515 คณะเภสัชศาสตร์ ใน พ.ศ. 2529 คณะเทคโนโลยีอุตสาหกรรมใน พ.ศ. 2535 (ปัจจุบันคือ คณะวิศวกรรมศาสตร์และเทศโนโลยีอุตสาหกรรม)

เนื่องในวโรกาสที่ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ 36 พรรษา ในวันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2536 และเพื่อให้เป็นมหาวิทยาลัยที่มีความสมบูรณ์ทางด้านศิลปะมากยิ่งขึ้น จึงเริ่มจัดตั้ง คณะดุริยางคศาสตร์ ใน พ.ศ. 2541 ภายใต้ชื่อโครงการจัดตั้งคณะดุริยางคศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร โดยดำริของ ศาสตราจารย์ ดร. ตรึงใจ บูรณสมภพ อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยศิลปากร ด้วยความร่วมมือจากบุคคลในวงการดนตรีหลายท่าน นับเป็นคณะวิชาลำดับที่ 10 ของมหาวิทยาลัยศิลปากร มีผู้อำนวยการคนแรก คือ เรืออากาศตรี ศาสตราจารย์พิเศษ ดร. แมนรัตน์ ศรีกรานนท์ ศิลปินแห่งชาติ และทำการจัดการเรียนการสอนตลอดหลักสูตรที่สำนักงานอธิการบดีตลิ่งชัน

ใน พ.ศ. 2542 ศาสตราจารย์ ดร.ตรึงใจ บูรณสมภพ อธิการบดีในขณะนั้น จึงขออนุมัติจากคณะรัฐมนตรีในการย้ายวิทยาเขตใหม่ไปที่ หมู่ที่ 1 หมู่บ้านไร่ใหม่พัฒนา ตำบลสามพระยา อำเภอชะอำ จังหวัดเพชรบุรี และมีแผนในการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตรขึ้นเป็นคณะแรก เนื่องจากพิจารณาเห็นว่าพื้นที่โดยรอบมีประชากรที่ประกอบอาชีพเกษตรกรรมเป็นหลัก มหาวิทยาลัยจะได้ให้บริการได้โดยตรง จากการประชุมสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ครั้งที่ 1/2544 เมื่อวันที่ 10 มกราคม 2544 ได้อนุมัติโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร พร้อมทั้งให้ความเห็นชอบในการแต่งตั้ง อาจารย์ ดร. สุภสร ชโยวรรณ เป็นผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร

ต่อมาสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ 2/2544 เมื่อวันที่ 7 มีนาคม พ.ศ. 2544 จึงได้เปลี่ยนชื่อจากโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร เป็นโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร และอนุมัติหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร ในปัจจุบัน) และใน พ.ศ. 2545 ได้มีการจัดตั้ง คณะวิทยาการจัดการ เป็นคณะวิชาลำดับที่ 12 ของมหาวิทยาลัยศิลปากร จากนั้นคณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตรจึงได้ย้ายมาเปิดการเรียนการสอนเต็มรูปแบบที่วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี ตามด้วยการจัดตั้ง คณะเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร พร้อม วิทยาลัยนานาชาติ ใน พ.ศ. 2546 เป็นสองคณะวิชาล่าสุด

วันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ. 2559 ราชกิจจานุเบกษา ได้ประกาศใช้ "พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยศิลปากร พ.ศ. 2559" โดยได้ยกเลิก "พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยศิลปากร พ.ศ. 2530[9] และฉบับแก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ. 2541[10]" และกำหนดให้มหาวิทยาลัยมีสถานะเป็นนิติบุคคล ซึ่งพระราชบัญญัติฉบับนี้มีผลบังคับใช้เมื่อพ้นสามสิบวันนับแต่วันประกาศในราชกิจจานุเบกษา คือวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2559[11]

ปัจจุบัน มหาวิทยาลัยศิลปากร เปิดหลักสูตรการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี ปริญญาโท และปริญญาเอก ครอบคลุมทั้งกลุ่มสาขาสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ กลุ่มสาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และกลุ่มสาขาวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมีหน่วยงานจัดการเรียนการสอนทั้งหมด 14 คณะวิชา และ บัณฑิตวิทยาลัย ใน 3 วิทยาเขต ได้แก่ วังท่าพระ กรุงเทพมหานคร วิทยาเขตพระราชวังสนามจันทร์ จังหวัดนครปฐม และวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี จังหวัดเพชรบุรี