ปัจจุบัน มหาวิทยาลัยศิลปากร เป็น มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ในสังกัด กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม[8] เมื่อวันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ. 2559 ราชกิจจานุเบกษา ได้ประกาศใช้ "พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยศิลปากร พ.ศ. 2559" โดยได้ยกเลิก "พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยศิลปากร พ.ศ. 2530[9] และฉบับแก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ. 2541[10]" และกำหนดให้มหาวิทยาลัยมีสถานภาพเป็นนิติบุคคล และมีฐานะเป็นหน่วยงานในกำกับของรัฐ ที่ไม่เป็นส่วนราชการและไม่เป็นรัฐวิสาหกิจ ซึ่งพระราชบัญญัติฉบับนี้มีผลบังคับใช้เมื่อพ้นสามสิบวันนับแต่วันประกาศในราชกิจจานุเบกษาคือวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2559 โดย พลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี เป็นผู้รับสนองพระบรมราชโองการ[11]