มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เป็นมหาวิทยาลัยที่ยกฐานะมาจาก วิทยาลัยอุบลราชธานี สังกัด มหาวิทยาลัยขอนแก่น ตามมติคณะรัฐมนตรี ปี พ.ศ. 2533 ในรัฐบาลของ พลเอกชาติชาย ชุณหะวัณ นายกรัฐมนตรี ด้วยความมุ่งหมายให้เป็นสถาบันอุดมศึกษาแห่งที่ 2 ของภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ต่อจากมหาวิทยาลัยขอนแก่น โดยการจัดการศึกษาเน้นหนักทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี เพื่อตอบสนองต่อความต้องการพัฒนา กำลังคนของประเทศ ซึ่งกำลังมุ่งพัฒนาประเทศไปสู่การเป็นประเทศ กึ่งอุตสาหกรรม และเพื่อเป็นการกระจายโอกาสทางการศึกษา ให้แก่ประชาชนในเขตภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ได้รับการศึกษาในระดับอุดมศึกษาเพิ่มมากขึ้นรวมทั้งให้มหาวิทยาลัย เป็นแหล่งเผยแพร่ความรู้ทางวิชาการให้แก่ประชาชนในท้องถิ่นสามารถนำความรู้ ที่ได้ไปปรับปรุงการประกอบวิชาชีพของตนเองเพื่อยกระดับคุณภาพชีวิตให้สูงขึ้นต่อไป

มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เปิดทำการเรียนการสอนครั้งแรกในปีการศึกษา 2531 ภายใต้ชื่อ "วิทยาลัยอุบลราชธานี" โดยเปิดทำการสอน ในสาขาเกษตรศาสตร์ และสาขาวิศวกรรมศาสตร์ มีนักศึกษารุ่นแรกจำนวน 67 คน ซึ่งฝากเรียนไว้ที่มหาวิทยาลัยขอนแก่นต่อมาในปีการศึกษา 2533 วิทยาลัยอุบลราชธานีได้ยกฐานะมาเป็น มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม 2533 ได้ย้ายสถานที่จัดการศึกษาจากมหาวิทยาลัยขอนแก่นมาประจำ ณ สถานที่ตั้งของมหาวิทยาลัยบริเวณกิโลเมตรที่ 10 - 11 ถนนวารินเดชอุดม ตำบลเมืองศรีไค อำเภอวารินชำราบ จังหวัดอุบลราชธานี บนเนื้อที่ประมาณ 5,228 ไร่ และเริ่มจัดการเรียนการสอนให้แก่นักศึกษาชั้นปีที่ 3 ของคณะเกษตรศาสตร์และคณะวิศวกรรมศาสตร์ ซึ่งได้ถือเอาวันที่ 30 กรกฎาคมของทุกปีเป็นวันคล้ายวันสถาปนามหาวิทยาลัยแล้วในปี พ.ศ. 2534 คณาจารย์และนักศึกษาทั้งหมด ของมหาวิทยาลัยขอนแก่น มาประจำ ณ สถานที่ตั้งของมหาวิทยาลัยโดยสมบูรณ์ โดยสภามหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้แต่งตั้งให้ รองศาสตราจารย์ ดร.สมจิตต์ ยอดเศรณี ดำรงตำแหน่งอธิการบดีเป็นคนแรก ในส่วนของการก่อสร้าง เริ่มต้นด้วยงบประมาณเพียง 16 ล้าน ในปี 2531 อาคารหลังแรก ที่ก่อสร้างคือ อาคารเอนกประสงค์