ในปี ค.ศ. 1209 ผู้ก่อตั้งเป็นกลุ่มคณาจารย์และนิสิตที่ย้ายมาจาก มหาวิทยาลัยออกซฟอร์ด ตำนานกล่าวว่าเดิมทีอาจารย์ในมหาวิทยาลัยออกซฟอร์ดเกิดข้อพิพาทกับเมืองออกซฟอร์ดอย่างรุนแรง ด้วยสาเหตุที่มีโสเภณีนางหนึ่งถูกฆาตกรรม เมืองออกซฟอร์ดตัดสินแขวนคออาจารย์ซึ่งเป็นสมาชิกของมหาวิทยาลัยออกซฟอร์ด ด้วยเหตุที่สมัยก่อนมหาวิทยาลัยกับเมืองนั้นค่อนข้างมีอิสระต่อกัน ดังนั้นคณาจารย์ของออกซฟอร์ดจึงไม่พอใจการตัดสินของเมืองอย่างมากเพราะถือว่าการกระทำของอาจารย์ควรจะอยู่ภายใต้การตัดสินของมหาวิทยาลัย คณาจารย์กลุ่มหนึ่งจึงประท้วงโดยแยกตัวออกไปจากมหาวิทยาลัยออกซฟอร์ดบ้างก็ไปที่เมืองเรดดิ้ง บ้างก็ไปที่ที่เมืองเล็ก ๆ แห่งหนึ่งริมฝั่ง แม่น้ำแคม แล้วรวมตัวกันสอนจนเกิดเป็นมหาวิทยาลัยขึ้นมา มหาวิทยาลัยมีคอลเลจ (College) ซึ่งเรียกได้ว่าเป็นคณะอาศัย ซึ่งไม่เหมือนวิทยาลัยในความเข้าใจโดยทั่วไป ปีเตอร์เฮาส์ Peterhouse คือคอลเลจแห่งแรกของมหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ซึ่งให้ความสะดวกด้านที่พักและกิจกรรมปฏิสัมพันธ์ในหมู่นิสิตและอาจารย์มหาวิทยาลัย ซึ่งระบบการเรียนการสอนของ ม. เคมบริดจ์และ ม.ออกซฟอร์ดใช้ระบบเดียวกัน นิสิตและครูอาจารย์ของสองมหาวิทยาลัยนี้เรียกรวม ๆ ว่า อ๊อกซบริดจ์

ต่อมา ม.เคมบริดจ์ได้ขยายตัวและรับนิสิตเพิ่มขึ้นจึงมีการจัดตั้งคอลเลจเพิ่มขึ้น จนปัจจุบัน ม.เคมบริดจ์ประกอบด้วย 31 คอลเลจ ระบบคอลเลจนี้มีลักษณะคล้าย ระบบบ้านพักของนักเรียนในหนังสือ แฮรี่ พอตเตอร์ คือ พอเข้าอาศัยที่ไหนแล้วก็ไม่เปลี่ยนและเป็นสมาชิกตลอดชีพ (ยกเว้นตอนเปลี่ยนระดับการศึกษา อาจขอเปลี่ยนได้) แม้นักเรียนจากแต่ละคอลเลจจะไปเรียนร่วมกันในคณะ/สาขาต่าง ๆ แต่จะมีระบบติวเฉพาะตัวหรือกลุ่มเล็ก ๆ (Supervision) ซึ่งจัดการโดยคอลเลจโดยตรง นักเรียนแต่ละคอลเลจจะแข่งขันกัน ทั้งด้านการเรียน และกิจกรรม ทุกคอลเลจจะมีประเพณีของตัวเอง มีประวัติศาสตร์เก่าแก่ของตัวเอง มีสีและสัญลักษณ์ของตัวเอง และ มีทรัพย์สินอาคารบ้านเรือนของตัวเอง (เช่น สระว่ายน้ำ สนามสควอช ที่ให้เช่าริมฝั่งแม่น้ำ Thame หอศิลป์ โบสถ์ อาคารธุรกิจ หุ้นในประเทศต่าง ๆ ฯลฯ) ดังนั้น คอลเลจของเคมบริดจ์หลาย ๆ แห่ง จึงมีฐานะร่ำรวย และชอบที่จะแข่งขันกันว่าใครจะให้ความสะดวกแก่เด็กตัวเองได้มากกว่ากัน หรือจ้างอาจารย์หรือ Fellow ที่มีชื่อเสียงมาเป็นที่ปรึกษาด้านวิชาการให้คอลเลจของตน อาจารย์มหาวิทยาลัยเคมบริดจ์ส่วนใหญ่ก็จะมีคอลเลจสังกัด แต่เวลาสอน ก็สอนเด็กทุกวิทยาลัย ฐานะทางการเงินที่คล่องตัวของคอลเลจนี้จะตรงข้ามกับตัวมหาวิทยาลัย เพราะตัวมหาวิทยาลัยยังต้องพึ่งพางบประมาณจากรัฐเป็นหลัก