มหาวิทยาลัยใช้ภาษาอังกฤษเป็นสื่อกลางในการเรียนการสอน ดังนั้นผู้ที่ต้องการเข้าศึกษาควรมีความรู้พื้นฐานทางด้านภาษาอังกฤษ มหาวิทยาล้ยแม่ฟ้าหลวงจัดการเรียนการสอนทั้งหมด 15 สำนักวิชา สามารถอำนวยการสอนได้ 38 หลักสูตร 77 สาขาวิชาดังนี้

ปัจจุบันประกอบด้วยส่วนงานทางวิชาการ ที่จัดการเรียนการสอนดังนี้

และในแผนพัฒนามหาวิทยาลัย ระยะเวลา 5 ปี ตั้งแต่ พ.ศ. 2555-2559 มหาวิทยาลัยมีแผนที่จะเปิดสำนักวิชาใหม่ ดังนี้

• สำนักวิชาแพทยศาสตร์ (เปิดรับนักศึกษารุ่นแรก ปีการศึกษา 2556)
• สำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ (เปิดรับนักศึกษารุ่นแรก ปีการศึกษา 2557)
• สำนักวิชาจีนวิทยา (ปีการศึกษา 2557 ซึ่งได้พัฒนามาจากสาขาวิชาภาษาจีน สำนักวิชาศิลปศาสตร์)
• สำนักวิชาการจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม