เมื่อพาสของรถไฟเดนใลเนอร์ซึ่งใชเดินทางไปอดีตถูกขโมยไป โนงามิ เรียวทาโร่ (มาสค์ใรเดอร์ เดนโอ) และทุกคนบนรถไฟ เดนไลเนอร์ ไม่ว่าจะเป็น โมโมทารอส อุราทารอส คินทารอส ริวทารอส นาโอมิ โคฮานะ และ โอนว์เนอร์ และ ซึซึกิ ตำรวจหน้าใหม่มาร่วมสืบคดีนี้ด้วย ขณะเดียวกันเนกะทารอส คนร้ายตัวจริงที่ขโมยเอาพาสรถไฟมาแปลงร่างเป็น เนกะเดนโอ ที่มีรูปร่างเหมือนเด็นโอซอร์ดฟอร์มอย่างกับแกะได้ร่วมมือกับคุโรกิผู้ต้องหาที่ตำรวจกำลังตามตัวจับอยู่ ตั้งองค์กรร้ายเพื่อจุดประสงค์ที่หากทำสำเร็จจะเดือดร้อนกันไปทั่วและในองกรค์นั้นได้มีซากุราอิ ยูโตะ (มาสค์ไรเดอร์ เซโรนอส )และเดเนบ ร่วมในองกรค์นั้นด้วยซากุราอิ ยูโตะ และ เดเนบ มาทำอะใรที่องค์กรนี้กันแน่ คุเรไน วาตารุ(มาสค์ใรเดอร์ คิบะ) จึงต้องลัดคิวออกมาช่วย เพื่อผนึกกำลังกำจัดเหล่าร้ายให้ได้ก่อนจะสายเกินแก้[1][2][3]