การบำบัดรักษาผู้ติดยาบ้าไม่ใช่การทำให้ร่างกายปลอดจากยาเสพติด แต่เป็นการบำบัดรักษาความผิดปกติของร่างกายจากผลของยาเสพติด คือ ความผิดปกติของระบบประสาท (คือผู้เสพจะรู้สึกว่าร่างกายตื่นตัวและมีความต้องการทำในสิ่งที่คิดหรือสิ่งที่ถูกสั่งจากสมอง) โดยเฉพาะสมองส่วนกลาง (Central nervous system) และสารสื่อเคมีสมอง (Neurotransmitter) สมองของผู้ติดยาเสพติดต้องการฤทธิ์ของยาเสพติดที่จะกระตุ้นให้ระบบสมองทำงานอย่างปกติ หากช่วงใดขาดยาเสพติดไปกระตุ้นก็จะเกิดอาการผิดปกติขึ้น

อาการผิดปกติของร่างกายที่เห็นทันทีที่หยุดยาบ้า คือ อาการถอนพิษยา ซึ่งจะมีอาการหิวบ่อย กินจุ กระวนกระวาย อ่อนเพลียและมีความรู้สึกจิตใจหดหู่ บางรายมีอาการถึงขนาดอยากฆ่าตัวตาย ในระยะนี้ ผู้ติดยาบ้าจะอยากนอนและนอนเป็นเวลานานในช่วง 2-3 สัปดาห์แรก

ต่อจากอาการถอนพิษยา ผู้ติดยาบ้าจะมีอาการอยากยามาก ในช่วงนี้ผู้ติดยาเสพติดจะมีความ รู้สึกไม่เป็นสุข ไม่มีกำลังทั้งทางร่างกายและจิตใจ อยากที่จะใช้ยาเพื่อกระตุ้นร่างกายและจิตใจให้เกิดความกระชุ่มกระชวยกลับมาใหม่

การบำบัดรักษายาบ้าในช่วงแรก เป็นการบำบัดรักษาเพื่อลดอาการถอนพิษยาจึงเป็นการให้ยาตามอาการ เพื่อลดความเครียด อาการซึมเศร้าหรืออาการทางจิตอื่นๆ เช่น อาการหวาดระแวง เพื่อให้ผู้ติดยาเสพติดสามารถประคับประคองตนเองผ่านช่วงนี้ไปให้ได้ หลังจากหยุดยาบ้าประมาณ 3-4 สัปดาห์ อาการถอนพิษยาและอาการอยากยาจะลดน้อยลง

แม้ว่าผู้ติดยาบ้าที่ผ่านการบำบัดรักษาขั้นถอนพิษยาแล้ว จะมีสุขภาพร่างกายและจิตใจดีขึ้น ร่างกายสมบูรณ์แข็งแรง แต่ความผิดปกติของระบบสมอง พฤติกรรมและสิ่งแวดล้อมยังไม่ได้แก้ไข จำเป็นที่จะต้องเข้าสู่ขั้นตอน ฟื้นฟูสมรรถภาพ ต่อไป เพื่อให้ผู้ติดยาบ้าหายขาดไม่หวนกลับไปใช้ยาเสพติดอีก

การที่ต้องผ่านขั้นตอนฟื้นฟูสมรรถภาพเพื่อฟื้นฟูให้สมองของผู้ติดยาเสพติดกลับมาเป็นสมองของคนปกติ เนื่องจากระบบประสาทของคนติดยาต้องการเสพติดเป็นประจำ เพื่อกระตุ้นให้มีสารเคมีสมองพอเพียงที่จะทำให้เกิดความสุขไม่วิตกกังวล หากขาดการกระตุ้นจากยาเสพติด สมองของผู้ติดยาเสพติดจะมีปฏิกิริยาตรงกันข้าม คือผู้ติดยาจะหงุดหงิดไม่เป็นสุข มีความเครียด วิตกกังวลและมีความอยากที่จะกลับไปเสพ ยาเสพติดอีก ดังนั้นจึงจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องใช้ระยะเวลานานพอสมควรให้ส่วนต่างของสมองได้ปรับตัวกลับเป็นปกติในช่วงที่ระบบสมองปรับตัวเป็นปกติ ผู้ติดยาเสพติดต้องไม่หวนกลับไปเสพยาเสพติดอีก

นอกจากระบบสมองแล้ว พฤติกรรมและสภาพแวดล้อมของผู้ติดยาต้องได้รับการปรับเปลี่ยนให้ดีขึ้น ในกระบวนการฟื้นฟูสมรรถภาพมีหลายวิธี การที่จะช่วยเหลือผู้ติดยาเสพติด เช่น การเข้าค่ายฟื้นฟูฯ การให้ คำปรึกษา การทำจิตบำบัด และชุมชนบำบัด เป็นต้น เพื่อให้ผู้ติดยาเสพติดเข้าใจถึงปัญหาของตนเองที่นำไปสู่การเสพยาเสพติด ปรับสภาพครอบครัวให้สมาชิกในครอบครัวได้เข้าใจปัญหาและช่วยกันดูแลประคับประคองผู้ติดยาเสพติด ปรับสภาพกลุ่มเพื่อนให้ห่างไกลจากเพื่อนที่จะมาชักชวนให้เสพยาเสพติด สร้างความมั่นคงทางจิตใจผ่านทางผู้เกี่ยวข้องหรือกลุ่มที่เลิกยาแล้ว ให้ผู้ติดยาเสพติดสามารถยืนหยัดแก้ไขปัญหาต่างๆ โดยไม่หวนกลับไปเสพยาอีก