สังคมญี่ปุ่นในยุคเอโดะแตกต่างจากสังคมญี่ปุ่นในยุคอื่น ๆ เนื่องจากลัทธิขงจื๊อใหม่เข้ามามีอิทธิพล สังคมยุคเอโดะแบ่งออกเป็นสี่ชนชั้นเรียกว่าชิโนโกโช (ญี่ปุ่น: 侍農工商 โรมาจิ: Shinōkōshō) ประกอบด้วย ชนชั้นซามูไร ชนชั้นชาวนา ชนชั้นช่างฝีมือ และชนชั้นพ่อค้า แต่ละชนชั้นมีบทบาทและหน้าที่ของตนเองอย่างชัดเจนเคร่งครัด และการเปลี่ยนแปลงทางชนชั้นเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นได้ยาก ในยุคเอโดะสถาบันพระจักรพรรดิและราชสำนักที่เมืองเกียวโตยังคงเป็นสถาบันสูงสุดของประเทศในทางทฤษฎี ในทางปฏิบัติราชสำนักเมืองเกียวโตมีบทบาททางการเมืองและสังคมน้อย

ชนชั้นทั้งสี่

• ชนชั้นซามูไร (ญี่ปุ่น: 侍 โรมาจิ: Shi) เป็นชนชั้นอภิสิทธิ์ชนผู้ปกครองประเทศ และเป็นตัวอย่างในทางจริยธรรมให้แก่ชนชั้นอื่น โดยมีจำนวนเป็นส่วนน้อยของประชากร ชนชั้นซามูไรได้รับอภิสิทธิ์ในการถือครองอาวุธต่างๆเช่น ดาบ ปืน (ชนชั้นอื่นไม่สามารถถือครองอาวุธได้) ในยุคเอโดะที่ปราศจากการสู้รบ ชนชั้นซามูไรได้ผันตนเองจากนักรบมาเป็นนักปราชญ์ หน้าที่หลักของชนชั้นซามูไรอยู่ที่การบริหารบ้านเมือง รายได้และผลผลิตของชนชั้นซามูไรเกิดจากรายได้ประจำจากรัฐบาลโชกุน และการเรียกเก็บผลผลิตจากชาวนาตามระบอบศักดินาสวามิภักดิ์ (feudalism) ในหมู่ชนชั้นซามูไรมีการแบ่งออกเป็นลำดับขึ้นตามยศถาบรรดาศักดิ์ ซามูไรชั้นสูงมีบทบาทในรัฐบาลโชกุนหรือตามแคว้นต่างๆ ในขณะที่ซามูไรระดับล่างประกอบอาชีพเป็นพนักงานต่างๆ เช่น เสมียน ผู้รักษาความปลอดภัย เป็นต้น
• ชนชั้นชาวนา (ญี่ปุ่น: 農 โรมาจิ: Nō) เป็นประชากรส่วนใหญ่ของประเทศ มีหน้าที่เพาะปลูกเก็บเกี่ยวผลผลิตเพื่อเลี้ยงตนเองและมอบให้แก่ชนชั้นซามูไร รัฐบาลโชกุนมีการควบคุมกำลังคนที่เข้างวด ชาวนาไม่สามารถเดินทางเคลื่อนย้ายออกจากแคว้นได้หากไม่ได้รับการอนุญาตจากไดเมียว
• ชนชั้นช่างฝีมือ (ญี่ปุ่น: 工 โรมาจิ: Kō) และชนชั้นพ่อค้า (ญี่ปุ่น: 商 โรมาจิ: Shō) มีศักดิ์ต่ำกว่าชนชั้นชาวนาตามหลักของลัทธิขงจื๊อ เนื่องจากชนชั้นช่างฝีมือผลิตสิ่งที่เป็นไปเพื่อความสวยงามเท่านั้น และชนชั้นพ่อค้าหารายได้จากผลผลิตของผู้อื่นเพียงอย่างเดียว แต่ในทางปฏิบัติในยุคเอโดะชนชั้นช่างฝีมือและชนชั้นพ่อค้ามีฐานะทางเศรษฐกิจที่ดี ชนชั้นพ่อค้าอาศัยอยู่ในเมือง (ญี่ปุ่น: 町 โรมาจิ: Machi) เช่นโอซากะหรือเอโดะ ซึ่งอยู่นอกเหนือการควบคุมของไดเมียวแต่อยู่ภายใต้การปกครองของรัฐบาลโชกุนโดยตรง ชนชั้นพ่อค้าซึ่งร่ำรวยมีการแสดงออกทางฐานะโดยการใช้ของหรูหราฟุ่มเฟือยหรือประพฤติตนเช่นเดียวกับชนชั้นซามูไร ซึ่งเป็นสิ่งที่ผิดกฎหมาย รัฐบาลโชกุนมีความพยายามในการห้ามปรามความฟุ่มเฟือยของชนชั้นพ่อค้าตลอดมา

นอกเหนือจากสี่ชนชั้น ยังมีกลุ่มคนอื่นๆในสังคมญี่ปุ่นในสมัยเอโดะได้แก่

• โรนิง คือ ชนชั้นซามูไรซึ่งไม่ได้รับการยอมรับจากรัฐบาลโชกุนด้วยเหตุผลต่าง ๆ เช่น กระทำความผิดกลายเป็นนักโทษ
• นักบวชและพระภิกษุสงฆ์ในพระพุทธศาสนาและศาสนาชินโต
• เอตะ (ญี่ปุ่น: 穢多 โรมาจิ: Eta) หรือ ฮินิง (ญี่ปุ่น: 非人 โรมาจิ: Hinin) เป็นกลุ่มคนที่สังคมให้ความรังเกียจ เนื่องจากมีพฤติกรรมหรือประกอบอาชีพที่ไม่ได้รับการยอมรับหรือขัดต่อศีลธรรมจรรยาของสังคม ได้แก่ เพชฌฆาต นักฆ่าสัตว์ ผู้ทำความสะอาดสิ่งปฏิกูล เป็นต้น เอตะหรือฮินิงมักอาศัยอยู๋รวมกันเป็นชุมชนตามเมืองต่าง ๆ ซึ่งเป็นสถานที่ซึ่งชาวเมืองคนอื่น ๆ ให้ความรังเกียจเช่นกัน

หลังจากการการฟื้นฟูเมจิ รัฐบาลเมจิได้ออกกฎหมายในปีค.ศ. 1871 เลิกระบอบชนชั้นต่าง ๆ ของยุคเอโดะ ทำให้ชาวญี่ปุ่นส่วนใหญ่ของประเทศมีสิทธิเท่าเทียมกันทางกฎหมาย