รูปแบบรายการนั้นแตกต่างออกไปตามแต่ละตอน และมีการพัฒนาขึ้นมาเรื่อย ๆ โดยที่จะมีการแบ่งทีม ให้หัวหน้าทีมเลือกสมาชิกมา ช่วงแรก มีการตั้งชื่อทีมเป็นชื่อต่างๆ หลังจากตอนที่ 6 ก็มีการใช้ชื่อทีมว่า ทีมแดง ทีมน้ำเงินแทน โดยมีภารกิจหลัก ๆ ดังต่อไปนี้

ตอนที่ 1 - 7

• ภารกิจที่ 1: มีเกือบทุก ๆ ตอน คือภารกิจถ่ายรูป โดยจะมีเงื่อนไข และ พื้นที่แบบแปลก ๆ มาให้ โดยหลังจากตอนที่ 8 ไม่ปรากฏภารกิจนี้แล้ว
• ภารกิจที่ 2: คือภารกิจแข่งขัน ตั้งแต่ตอนที่ 7 ภารกิจนี้จะให้หาของที่ซ่อนอยู่ในสถานที่นั้น ๆ และมีคำใบ้ให้ ส่วนอีกทีมจะต้องไล่จับ เอาชื่อของแต่ละคนมาให้ได้ หากใครโดนเอาป้ายชื่อไป คนคนนั้นจะตกรอบ ไม่สามารถหาของที่ซ่อนอยู่ต่อได้ ส่วนตอนที่ 8 จะเป็นเพียงแค่การซ่อนเท่านั้น แต่ระหว่างการซ่อนจะมีเสียงกริ่งดังเป็นระยะ ๆ
• ภารกิจที่ 3: คือ ช่วง “เวลาที่ดีกับ ชา 1 แก้ว” เป็นช่วงพัก ที่ให้ทุกคนได้ตื่นตัวในเวลาดึก ไม่ง่วงนอน แต่ละทีม จะต้องสุ่มเลือกอุปกรณ์ที่ใช้ในการตักวัตถุดิบ หรือทอยลูกเต๋าสุ่มจำนวน ในตอนที่ 7 มีการใช้ลูกเต๋าสุ่มจำนวนมะนาว และใช้อุปกรณ์ตักน้ำตาล 12 ชนิด ตั้งแต่ ที่เขี่ยหู จนไปถึง พลั่ว และ การแข่งขันนี้ ทีมไหนดื่มได้เร็วที่สุดก็จะเป็นผู้ชนะไป
• ภารกิจที่ 4: กีฬายามเช้า ทีมไหนชนะเกมนี้ก็ได้รับรันนิงบอลเช่นกัน ซึ่งใช้กีฬาแบดมินตันในการทำภารกิจ ภารกิจนี้มีเพียงตอนที่ 6 และ 7 (ในตอนที่ 7 นั้นได้ตัดออกไป เนื่องจากเกินเวลา แต่ก็ได้ถ่ายเป็นภาพเล็ก ๆ ให้ชม)

ตอนที่ 8 - 15

• ภารกิจที่ 1: เอาชนะด้วย 1:8 คน ก่อนเริ่มรายการจะมีการซักซ้อม เพื่อแกล้งสมาชิกในรายการคนใดคนหนึ่ง ด้วยวิธีต่าง ๆ เช่น ตอบคำถามโดยมีโพยและใครได้ที่สุดท้ายอดรับรันนิงบอล เป็นต้น
• ภารกิจที่ 2: เกมการ์ดโกหก จะมีการแจกไพ่ให้แต่ละคน และ จะมีการเลือกไพ่จากอีกคนหนึ่งสู่อีกคนหนึ่ง หลังจากนั้น จะมีการเล่นเกมต่างๆเพื่อหาผู้ชนะในแต่ละเกม แล้วมอบไพ่ทั้งหมดให้แก่คนใดคนหนึ่ง จากนั้นก็ส่งต่ออีกครั้งหนึ่ง และเล่นเกมส์อีกครั้งหนึ่ง สมาชิกที่เหลือจะต้องโชว์ไพ่ให้ดู หากใครมีไพ่โททก คนนั้นจะเป็นคนเดียวที่ไม่ได้รับรันนิงบอล
• ภารกิจที่ 3: ภารกิจแข่งขัน กฎกติกายังคงเหมือนเดิม

ตอนที่ 16 - 25

• ภารกิจที่ 1: เอาชนะ 1 ต่อ X (X คือ จำนวนสมาชิกที่เหลือ) กฎกติกาเหมือนเดิม
• ภารกิจที่ 2: ไม่แน่นอน ส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับสถานที่ที่ถ่ายทำรายการ เช่น ถ่ายทำบนเรือ ก็ให้เล่นเกม "บทคู่รักไททานิค" เป็นต้น
• ภารกิจที่ 3: ภารกิจแข่งขัน กฎกติกาเหมือนเดิม

ตอนที่ 26 - 43

ตั้งแต่ตอนที่ 26 ภารกิจกระดิ่งซ่อนหาถูกแทนที่ด้วยภารกิจตามหาแขกรับเชิญ พิธีกรและแขกรับเชิญจะถูกกักไว้ในสถานที่แข่งขันและต้องหารันนิงบอล เพื่อหนีจากการถูกลงโทษ ในภารกิจหารันนิงบอลนี้ สมาชิกรันนิงแมนจะถูกแยกเป็นทีมหรือเดี่ยว เพื่อแยกย้ายกันไปหารันนิงบอล รูปแบบภารกิจในตอนที่ 26 - 43 มีดังต่อไปนี้

• ภารกิจที่ 1: เป็นภารกิจที่คล้ายคลึงกับภารกิจ 1 ต่อ X แต่เป็นการตามหาแขกรับเชิญในสถานที่นั้น โดยแขกรับเชิญจะต้องทำภารกิจของตนเองเพื่อให้สมาชิกรันนิงแมนคนอื่นหมดสิทธิ์เล่นเกม
• ภารกิจที่ 2: รูปแบบภารกิจไม่แน่นอน ส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับสถานที่ที่ถ่ายทำรายการ
• ภารกิจที่ 3: ภารกิจ "One Chance" เป็นภารกิจที่ให้ทำการแสดงหรืออื่น ๆ โดยให้ซักซ้อมกี่รอบก็ได้ เมื่อพร้อม มีโอกาสแสดงจริงได้แค่ครั้งเดียว ซึ่งในครั้งเดียวนั้น จะต้องผ่านตามเงื่อนไขที่ทีมงานกำหนดมา ภารกิจนี้ปรากฏในตอนที่ 27 ถึง 31

สมาชิกรันนิงแมนที่ไม่มีรันนิงบอลนั้นจะถูกลงโทษโดยอัตโนมัติ อย่างไรก็ตาม หากสมาชิกรันนิงแมนสามารถทำภารกิจ one chance ได้สำเร็จ สมาชิกรันนิงแมนทุกคนจะรอดจากการลงโทษ ไม่ว่าจะมีรันนิงบอลหรือไม่ก็ตาม

ในตอนที่ 38 และตอนอื่นๆ ที่ตามมา จะมีบางตอนที่มีภารกิจสายลับ สายลับในหมู่สมาชิกรันนิงแมนอาจเป็นพิธีกร แขกรับเชิญ หรือทั้งสองอย่างก็ได้ โดยสายลับต้องทำภารกิจตามที่ทีมงานกำหนด โดยไม่ให้สมาชิกคนอื่นรู้ตัว

ตอนที่ 44-47

ตั้งแต่ตอนที่ 44 - 47 พนักงานของสถานที่ที่รายการไปถ่ายทำจะลงคะแนนให้กับสมาชิกรันนิงแมนที่ตนคิดว่าน่าจะเป็นผู้ชนะในการทำภารกิจ และพนักงานเหล่านั้นก็จะเป็นผู้สนับสนุนให้กับสมาชิกรันนิงแมนที่ตนเลือก ทีมของสมาชิกจะถูกแบ่งโดยการเลือกของสมาชิกรันนิงแมนที่ชนะในภารกิจและได้รับรันนิงบอลเป็นคนแรก เมื่อแบ่งเป็นสองทีมแล้ว ทั้งสองทีมก็จะแข่งกันเพื่อให้ได้รับรันนิงบอล โดยการถ่ายทำรายการจะใช้เวลาประมาณ 2 วัน จึงแบ่งการออกอากาศเป็น 2 ตอน รูปแบบภารกิจเป็นดังต่อไปนี้

• ภารกิจที่ 1: ภารกิจตามหาแขกรับเชิญ โดยแขกรับเชิญจะต้องทำภารกิจของตนเองเพื่อให้สมาชิกรันนิงแมนคนอื่นหมดสิทธิ์เล่นเกม
• ภารกิจที่ 2: รูปแบบภารกิจไม่แน่นอน โดยจะให้พนักงานของสถานที่ที่ถ่ายทำรายการมีส่วนร่วมด้วย
• ภารกิจที่ 3: ภารกิจแข่งขันระหว่างสองทีม
• ภารกิจที่ 4: รูปแบบภารกิจขึ้นอยู่กับสถานที่ที่ถ่ายทำรายการ

ทีมที่มีรันนิงบอลมากที่สุดจะเป็นผู้ชนะ และพนักงานที่เลือกสมาชิกรันนิงแมนที่ตนคิดว่าจะชนะได้ถูกต้อง จะได้รับเงินโบนัสจากประธานบริษัท

ตอนที่ 48 - ปัจจุบัน

ตั้งแต่ตอนที่ 48 เป็นต้นมา สมาชิกรันนิงแมนจะแข่งขันกันต่อเนื่องจนกระทั่งมีผู้ชนะเมื่อการแข่งขันจบลง รูปแบบของรายการมีการเปลี่ยนแปลงจากรูปแบบภารกิจแข่งขันหลาย ๆ ภารกิจประกอบกัน เป็นรูปแบบมีภารกิจเดียวยาวต่อเนื่องจนจบการแข่งขัน