ความแตกแยกของขุนนางออกเป็นหลายฝ่ายเริ่มขึ้นในสมัยพระเจ้าซอนโจ โดยแตกเป็นสองฝ่าย คือ ฝ่ายขุนนางที่อาศัยอยู่ทางซีกตะวันตกของเมืองฮันซ็อง เรียกว่า ฝ่ายตะวันตก (ซออิน) มีความคิดอนุรักษนิยมยึดมั่นในหลักขงจื๊อ และฝ่ายตะวันออก (ทงอิน) มีความคิดแนวปฏิรูปจากหลักการดั้งเดิม หลังสิ้นสุดสงครามอิมิจิน ฝ่ายตะวันออกก็มีอำนาจขึ้นมาเพราะกระแสปฏิรูปที่เกิดขึ้น แต่ฝ่ายตะวันออกก็แตกอีกเป็นสองฝ่าย คือ ฝ่ายใต้ (นัมอิน) คือพวกหัวกลาง ๆ และฝ่ายเหนือ (พุกอิน) ที่หัวปฏิรูปแรงกล้า ครั้นพ.ศ. 2151 พระเจ้าซอนโจสวรรคต ฝ่ายตะวันออกก็พลักดันให้องค์ชายควางแฮขึ้นครองราชย์ แต่ก็ถูกฝ่ายตะวันตกยึดบัลลังก์ไปในพ.ศ. 2166 ให้พระเจ้าอินโจขึ้นครองราชย์แทน แต่ฝ่ายเหนือก็ก่อกบฏ จนนำไปสู่การรุกรานของแมนจูในที่สุด

การแบ่งฝักแบ่งฝ่ายของขุนนางได้สร้างความขัดแย้งและความวุ่นวายให้แก่อาณาจักรโชซ็อนไปอีก 100 กว่าปี ในพ.ศ. 2202 พระเจ้าฮโยจงสวรรคต ก็เกิดปัญหาว่าควรจะให้พระพันปีแจอึยซึ่งเป็นพระมารดาเลี้ยงของพระเจ้าฮโยจงสวมชุดไว้ทุกข์เป็นเวลานานเท่าไร เพราะตามหลักของจื้อไม่ได้บอกไว้ว่าเมื่อลูกเลี้ยงที่สืบทอดตระกูลเสียชีวิตจะให้แม่เลี้ยงทำอย่างไร ฝ่ายตะวันตกบอกว่าให้ใส่หนึ่งปี แต่ฝ่ายใต้บอกให้ใส่สามปี พระเจ้าฮย็อนจงทรงเลือกที่จะให้ใส่หนึ่งปี เท่ากับดันให้ฝ่ายตะวันตกมีอำนาจ แต่พระองค์ก็ทรงสนับสนุนฝ่ายใต้เพื่อคานอำนาจ พอพ.ศ. 2217 มเหสีอินซอนพระมารดาของพระเจ้าฮย็อนจงสวรรคต ก็เกิดปัญหาขัดแย้งระหว่างฝ่ายตะวันตกกับฝ่ายใต้อีกว่าจะให้พระพันปีแจอึยไว้ทุกข์นานเท่าไร แม้พระเจ้าฮย็อนจงจะสวรรคตในปีเดียวกัน ความขัดแย้งก็ไม่สิ้นสุด จนพระเจ้าซุกจงต้องทรงห้ามมิให้ทะเลาะกันอีก

ในพ.ศ. 2223 ฝ่ายใต้ล่มสลาย เหลือแต่ฝ่ายตะวันตกจึงแบ่งเป็นสองฝ่าย คือ ฝ่ายโนนน (พวกหัวเก่า) ประกอบด้วยขุนนางอาวุโส และฝ่ายโซนน (พวกหัวใหม่) มีขุนนางรุ่นใหม่ ในสมัยพระเจ้าซุกจง ฝ่ายโนนนและฝ่ายโซนนขัดแย้งกันเรื่องการแต่งตั้งรัชทายาท ฝ่ายโนนนสนับสนุนพระเจ้ายองโจ แต่ฝ่ายโซนนสนับสนุนพระเจ้าเคียงจง ในพ.ศ. 2233 พระเจ้าเคียงจงทรงได้เป็นรัชทายาท ทำให้ฝ่ายโนนนเสื่อมอำนาจลงไป

เมื่อพระเจ้ายองโจครองราชย์ใน พ.ศ. 2267 ทรงเห็นถึงปัญหาที่เกิดขึ้นจากการแบ่งฝักแบ่งฝ่ายของขุนนาง บ้านเมืองที่ทรุดโทรมและประชาชนกำลังลำบากแต่ราชสำนักกลับมัวแต่ทะเลาะกัน จึงทรงห้ามมิให้มีการแบ่งฝ่ายอีก การแบ่งฝักแบ่งฝ่ายจึงเสื่อมลงตั้งแต่สมัยพระเจ้ายองโจ และสิ้นสุดในสมัยแทวอนกุน