หน้านี้รวบรวมรายชื่อนครในประเทศญี่ปุ่นเรียงตามจำนวนประชากร 60 อันดับแรก โดยอ้างอิงตามรายงานสรุปสำมะโนประชากรประจำปี พ.ศ. 2558 จากสำนักงานสถิติ กระทรวงกิจการภายในประเทศและการสื่อสารของประเทศญี่ปุ่น โดยตามรายงานสำมะโนประชากรฉบับนี้ ประเทศญี่ปุ่นมีประชากรในเขตเมืองรวม 116,137,232 คน 127,094,745 คน หรือคิดเป็นร้อยละ 91.38 ของประชากรทั้งประเทศ[1]แขวงพิเศษของโตเกียวทั้ง 23 แขวงจะพิจารณารวมเป็นนครโตเกียว อย่างไรก็ตาม มีแขวงจำนวน 10 แขวงที่มีจำนวนประชากรอยู่ระหว่างเมืองที่มีประชากรมากที่สุด 60 อันดับแรก แขวงเหล่านี้จะแสดงในตารางนี้ด้วยโดยจะอยู่ในวงเล็บและไม่จัดอันดับร่วมกับเมือง