ในขณะที่ในไทยใช้คำว่า "ลินุกซ์" ในหลายประเทศที่ใช้ภาษาอังกฤษเป็นหลักนิยมออกเสียงเป็น "ลินิกซ์" หรือ "ไลนิกซ์" โดยพยางค์ท้ายอ่านเหมือนพยางค์ท้ายของคำว่า"ยูนิกซ์" โดยลินุส โตร์วัลดส์ผู้ที่คิดค้นลินุกซ์ได้กล่าวไว้ว่า "li" อ่านเหมือนเสียงสระอิ /ɪ/ และ "nux" อ่านเสียงสระเหมือนเสียง /ʊ/ ซึ่งคล้ายเสียง "อุ" ในภาษาไทย ในซอร์ซโค้ดของลินุกซ์เคอร์เนลมีไฟล์ที่เก็บคำพูดของโตร์วัลดส์ ที่พูดว่า "Hello, this is Linus Torvalds, and I pronounce Linux as Linux"( ฟัง (วิธีใช้·ข้อมูล) ) เก็บไว้เนื่องจากมีการโต้เถียงกันมากในเรื่องการออกเสียง