วัคซีน (อังกฤษ: vaccine) เป็นชีววัตถุที่เตรียมขึ้นจากเชื้อจุลินทรีย์หรือส่วนของเชื้อจุลินทรีย์ซึ่งจะมีกลไกชักนำให้ร่างกายสร้างภูมิคุ้มกันที่จำเพาะต่อจุลินทรีย์ชนิดนั้น ๆ กล่าวคือมีฤทธิ์ชักนำการสร้างภูมิคุ้มกันอันจำเพาะกับโรค วัคซีนโดยทั่วไปจะประกอบด้วยส่วนประกอบของจุลินทรีย์ที่เป็นสาเหตุของโรค (แอนติเจน) ซึ่งถูกทำให้อ่อนฤทธิ์ลง, ตาย หรือการใช้ส่วนที่เป็นพิษที่อ่อนฤทธิ์ลง (toxoid) โดยวัคซีนจะกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายและสามารถจดจำได้ว่าเป็นสารก่อโรคซึ่งจะมีกลไกการทำลายต่อไป คุณสมบัติการจดจำแอนติเจนของระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายทำให้ร่างกายสามารถกำจัดแอนติเจนหากเมื่อได้รับอีกในภายหลังได้รวดเร็วยิ่งขึ้นวัคซีนเริ่มมีการพัฒนาในราวคริสต์ทศวรรษ 1770 โดยเอดเวิร์ด เจนเนอร์ นักวิทยาศาสตร์ชาวอังกฤษ ประสบความสำเร็จในการสกัดเชื้อ cowpox เพื่อป้องกันโรคฝีดาษ (small pox) ในมนุษย์ได้ วัคซีนในระยะเริ่มแรกเป็นการนำเชื้อมาทำให้ตายหรือการใช้เชื้อที่อ่อนฤทธิ์เท่านั้น จนกระทั่งปัจจุบันมีการพัฒนาโดยนำเทคโนโลยีรีคอมบีแนนต์มาช่วยในการพัฒนาโดยอาศัยความรู้ทางชีววิทยาระดับโมเลกุล และมีความพยายามพัฒนาวัคซีนโดยการสังเคราะห์แอนติเจนในการผลิตซับยูนิตวัคซีน (subunit vaccine) อีกด้วย คำว่า "วัคซีน" (vaccine) ได้มาจากครั้งที่เอ็ดวาร์ดให้เชื้อ cowpox แก่มนุษย์ โดยคำว่า variolæ vaccinæ มาจากคำว่า vaccīn-us หรือ vacca ซึ่งแปลว่า cow หรือวัวซึ่งมีความสัมพันธ์กับเชื้อ cowpox