พุทธศาสนิกชนฝ่ายวัชรยานกล่าวว่า พระพุทธเจ้าได้ทรงหมุนกงล้อพระธรรมจักร 3 ครั้งด้วยกัน ซึ่งมีความหมายว่า ท่านได้เทศนาในหลักใหญ่ ๆ ไว้ 3 เรื่อง 3 วาระ ได้แก่

1. ที่เมืองสารนาถ กรุงพาราณสี เทศนาเกี่ยวกับพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาท
2. ที่กฤตธาราโกติ กรุงมคธ
3. ที่ไวศาลี

การเทศนาครั้งที่ 2 และครั้งที่ 3 นั้นได้เทศนาเกี่ยวกับมหายาน ซึ่งได้มีการเปลี่ยนแปลงอย่างมากในเรื่องของอุดมคติการหลุดพ้นของสรรพสัตว์ทั้งหมด เป็นอุดมคติของมหายาน อุดมคตินี้ เรียกว่า "โพธิจิต"(จิตที่ต้องการตรัสรู้ธรรมเพื่อประโยชน์ของสัตว์ทั้งหลาย)

บุคคลใดที่มีอุดมคติแบบโพธิจิตนี้และปฏิบัติอุดมคตินี้ บุคคลนั้นก็คือพระโพธิสัตว์ ในแต่ละครั้งแห่งการเกิด ต้องมีบุพการี 1 กลุ่ม ในการเวียนว่ายตายเกิดในสังสารวัฏนี้แต่ละคนได้มีบุพการีมาแล้วเป็นจำนวนที่นับไม่ถ้วน ฉะนั้นการแสวงหาทางหลุดพ้นจึงควรเป็นไปพร้อมกัน หรือให้บุพการีไปก่อนแล้วเราค่อยหลุดพ้นตามไป นี่คือความเป็นพระโพธิสัตว์ พระอาจารย์ชาวทิเบตได้กล่าวไว้ในศตวรรษที่ 14 ว่า

ฉะนั้นการแลกความสุขของตนเปลี่ยน กับความทุกข์ของผู้อื่นเป็นหน้าที่ของพระโพธิสัตว์ พระโพธิสัตว์ต้องประกอบไปด้วยบารมี 6 ประการ [1]

ในบารมี 6 ที่พระโพธิสัตว์ปฏิบัตินั้นประกอบด้วยทาน ศีล ขันติ วิริยะ สมาธิ และปัญญา เมื่อปฏิบัติถึงที่สุดแล้ว พระโพธิสัตว์ก็บรรลุสัมมาสัมโพธิญาณเป็นพระพุทธเจ้าได้ สามารถบรรลุความเป็นตรีกายได้คือธรรมกาย สัมโภคกาย และนิรมาณกาย พระพุทธเจ้าได้สอน เรื่องของวัชรยานไว้ตั้งแต่สมัยพุทธกาล เช่น กาลจักรตันตระ หลังจากได้บรรลุสัมมาสัมโพธิญาณแล้ว 1 ปี แก่พระโพธิสัตว์ที่บำเพ็ญในภูมิที่สูง ฉะนั้นคำสอนตันตระจึงถือว่าเป็นคำสอนลับเฉพาะ ถ่ายทอดแก่ผู้ที่มีความพร้อมในการปฏิบัติธรรมชั้นสูง หากถ่ายทอดไปยังผู้ไม่เหมาะสม นอกจากจะไม่เกิดประโยชน์แล้วยังอาจก่อให้เกิดความเข้าใจผิดได้

คำสอนมหายานเป็นที่เริ่มสนใจปฏิบัติในช่วงของท่านนาคารชุนในปื ค.ศ. 1 ท่านนาคารชุนได้ปฏิบัติคำสอนตันตระได้ อย่างเป็นเลิศ ท่านได้เขียนเรื่องการปฏิบัติตันตระเรื่องกูเยียซามูจาตันตระ ในศตวรรษที่ 16 ท่านตารานาถ พระอาจารย์ชาวทิเบตในนิกายโจนังปะ (Jonangpa) ได้บันทึกไว้ว่าท่านคุรุนาคารชุนได้เขียนคำสอนเกี่ยวกับตันตระ ไว้มากเพียงแต่ช่วงที่ท่านมีชีวิตอยู่ไม่เป็นที่นิยมและแพร่หลาย ทิเบตเริ่มรับคำสอนจากอินเดีย ในช่วงศตวรรษที่ 7-8 ในช่วงนั้นการปฏิบัติตันตระในอินเดียได้พัฒนาขึ้นถึงจุดสูงสุดไปจนถึง ศตวรรษที่ 12 การปฏิบัติในวัชรยานมีเงื่อนไขสำคัญอยู่หนึ่งข้อคือก่อนที่จะศึกษาปฏิบัติตันตระ จะต้องได้รับการมนตราภิเษก (initiation/ empowerment) จากพระอาจารย์ผู้มีคุณสมบัติเหมาะสมและได้รับอนุญาตจากครูบาอาจารย์ในสายของท่านให้เป็นผู้ประกอบพิธี ถ้าไม่มีมนตราภิเษก ถึงแม้จะปฏิบัติอย่างไรก็ตามจะไม่ได้รับผลเต็มที่ ฉะนั้นผู้สนใจต่อการปฏิบัติวัชรยานจึงต้องได้รับการมนตราภิเษกจากพระอาจารย์เสียก่อน อย่างไรก็ตาม มนตราภิเษกที่สมบูรณ์ไม่ได้เกิดหลังผ่านพิธีกรรม แต่เกิดไปตลอดชีวิตของผู้ปฏิบัติเมื่อเขาฝึกฝนตนเองตามบทปฏิบัติจนจิตของเขาประสานเป็นหนึ่งเดียวกับจิตของพระพุทธเจ้าองค์ที่เขาปฏิบัติบูชา และการให้มนตราภิเษกชั้นสูงจะมอบให้เพียงศิษย์ที่คุรุไว้วางใจว่ามีจิตเยี่ยงพระโพธิสัตว์และจะสามารถรักษาและปฏิบัติตามคำสอนได้อย่างเคร่งครัด นอกจากมนตราภิเษก คำสอนในสายตันตระยังต้องได้รับการส่งมอบจากคุรุสู่ศิษย์ที่เรียกว่า การถ่ายทอดคำสอน (transmission) และได้รับการอธิบาย (instruction) อย่างชัดแจ้ง

คำสอนวัชรยานมีไว้สำหรับผู้ที่มีพื้นฐานปัญญาจากมหายานเป็นอย่างดีจึงสามารถเข้าใจคำสอนอันลึกซึ้งได้ เป็นที่รู้กันว่าในทิเบต ท่านมิลาเรปะได้บรรลุธรรมในช่วงชีวิตของท่านด้วยการปฏิบัติตันตระ การปฏิบัติวัชรยานสามารถ ทำให้เราบรรลุถึงจุดนั้นได้ด้วยเวลาอันสั้น คำสอนต่างๆในตันตระได้ถูกบันทึกไว้ด้วยวิธีการ ซึ่งพระพุทธเจ้าได้ตรัสสั่งไว้ เราสามารถศึกษาตันตระได้จากคำสอนต่างๆที่พระอาจารย์ชาวอินเดียได้บันทึกไว้และได้แปลทั้งหมดสู่ภาษาทิเบต เนื่องจากคำสอนดั้งเดิมที่เป็นภาษาสันสกฤตได้สูญหาย และถูกทำลายไปนานแล้ว

พุทธศาสนาได้เข้าสู่ทิเบตในสมัยกษัตริย์ซงซัน กัมโปในคริสต์ศตวรรษที่ 7 พุทธศาสนาเข้าสู่ทิเบตทั้งจากอินเดียและจีน ได้มีบันทึกไว้ในประวัติศาสตร์ทิเบตว่ามีการสังคายนาพระพุทธศาสนา ณ นครลาซา โดยผ่านการโต้วาทีธรรมระหว่างนิกายเซนของจีนและวัชรยานจากอินเดีย ผลปรากฏว่า ชาวทิเบตเลื่อมใสในวัชรยานมากกว่า ดังนั้นพุทธศาสนาวัชรยานจึงลงรากฐานมั่นคงในทิเบตสืบมา พระเจ้าตรีซง เตเซ็น ได้ทรงนิมนต์ท่านศานตรักษิต ภิกษุชาวอินเดียและพระคุรุปัทมสมภวะเข้ามาเพื่อเผยแผ่พระธรรม โดยเฉพาะพระคุรุปัทมสมภวะได้เป็นที่เลื่อมใสศรัทธาของชาวทิเบตอย่างมากจนท่านได้รับการยกย่องว่าเป็นพระพุทธเจ้าองค์ที่ 2 ของชาวทิเบต ท่านได้ร่วมกับท่านศานตรักษิตสร้างวัดสัมเย่ขึ้นในปี ค.ศ. 787 และเริ่มมีการอุปสมบทพระภิกษุชาวทิเบตขึ้นเป็นครั้งแรก ในความอุปถัมภ์ของกษัตริย์ตรีซง เตเซ็น ทั้งนี้ยังได้จัดนักปราชญ์ชาวทิเบตเข้าร่วมในการแปลพระพุทธธรรมเป็นภาษาทิเบตด้วยอย่างมากมาย