ปัจจุบันมีการถ่ายทอดคำสอนเข้ามาในประเทศไทยจากหลายนิกาย และได้มีการตั้งกลุ่มปฏิบัติต่าง ๆ ขึ้นดังนี้

• กลุ่ม รังจุง เยเช ประเทศไทย (Rangjung Yeshe Thailand,Chokling Tersar and Taklung Kagyu lineage) [2] เน้นสายการปฏิบัติชกลิง เตรซาและตักลุง กาจูโดยมีพระอาจารย์สำคัญคือ สมเด็จพักชก ริมโปเช (Kyabgön Phakchok Rinpoche)
• กลุ่ม ศูนย์กลางข้อมูลพุทธศาสนาฝ่ายมหายาน (ริโวเชธรรมสถาน) สายริโวเช (Mahayana information center - Riwoche, Riwoche lineage) [3]
• กลุ่ม ชัมบาลา สายปฏิบัติชัมบาลา (Shambhala Bangkok, Shambhala lineage) เน้นคำสอนของพระอาจารย์ทรุงปะ ริมโปเช [4]
• มูลนิธิพันดารา เน้นคำสอนพุทธวัชรยานอย่างไม่แบ่งแยกนิกาย หรือที่เรียกว่า รีเม (Rimed) และมีคำสอนพิเศษที่เน้นการปฏิบัติบูชาพระโพธิสัตว์ตาราที่สืบทอดในนิกายสาเกียปะและคำสอนซกเช็นที่สืบทอดในนิกายยุงตรุงเพิน (Thousand Stars Foundation, several different lineages of Tibetan Buddhism as well as Yungdrung Bon, emphasizing on Tara and Dzogchen traditions) มีบ้านอบรมเสวนาในกรุงเทพมหานครและศูนย์ปฏิบัติธรรมและแหล่งเรียนรู้อุทิศแด่พระโพธิสัตว์ตารา ชื่อว่า ศูนย์ขทิรวัน (Khadiravana Center) หรือภาษาทิเบต กุนเทรอลิง (Kundrol Ling) ที่หมู่ 5 ตำบลหนองพลับ อำเภอหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ [5]

บ้านติโลปะ (Tilopa House) สืบสายการปฏิบัติของท่านทรุงปะริมโปเช เช่นเดียวกับสายชัมบาลา แต่ผ่านคุรุทางจิตวิญญาณชาวอเมริกันชื่อ เรจินัลด์ เรย์ (Reginald Ray) มีบ้านปฏิบัติธรรมและที่อบรมเสวนาในกรุงเทพมหานคร

• ศูนย์อนัมคาราเพื่อปัญญาเมตตาและสันติสุข (Anam Cara Center for Wisdom-Compassion-Peace) สืบทอดวิถีพุทธศาสนา วัชรยาน จากท่านลามะ เซริง วังดู รินโปเช และการถ่ายทอดผ่านทางจิตและสัญลักษณ์ โพธิสัตวมรรคา สมาธิพระวัชรสัตว์ การปฏิบัติโพวา ทองเลน อติโยคะ (ซกเช็น) และจัดฝึกอบรม มรรคาแห่งวัชระ เน้นการฝึกปฏิบัติซกเช็น [6]

นอกจากนี้ ยังมีคำสอนในพุทธวัชรยานที่ได้รับการถ่ายทอดที่วัดโพธิ์แมนคุณาราม เช่น พิธีมนตราภิเษก และเสถียรธรรมสถาน เช่น คำสอนเกี่ยวกับพระโพธิสัตว์ตารา