วิกิตัวแรกชื่อว่า WikiWikiWeb[1] สร้างโดย วอร์ด คันนิงแฮม เมื่อพ.ศ. 2537 สำหรับโครงการ Portland Pattern Repository ของเขา โดยได้เขียนโปรแกรมขึ้นด้วยภาษาเพิร์ลและติดตั้งลงที่เว็บ c2.com โดยชื่อของ วิกิ นั้นมาจากชื่อรถประจำทางสาย "วิกิ วิกิ" (Wiki Wiki) ของระบบรถขนส่งแชนซ์ อาร์ที-52 ที่สนามบินฮอโนลูลูในรัฐฮาวาย คำว่าวิกิในภาษาฮาวายมีความหมายว่าเร็ว ดังนั้นคำว่า "วิกิวิกิ" หมายถึง "เร็วเร็ว" นั่นเอง

ระบบวิกิเริ่มเป็นที่รู้จักภายหลังจากที่สารานุกรมวิกิพีเดียได้นำมาใช้ ซึ่งต่อมาได้มีหน่วยงานหลายส่วนได้นำระบบวิกิมาใช้ไม่ว่าในการจัดการเอกสาร การติดต่อสื่อสาร หรือแม้แต่การร่วมโปรแกรม