ศาลทหาร ได้มีขึ้นเป็นของคู่กันมาตั้งแต่มีการทหารไว้ป้องกันประเทศ จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ระบบศาลทหารไทยปรากฏตามกฎหมายลักษณะขบฎศึก จุลศักราช 796 ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ตั้งแต่รัชกาลที่ 1 ถึงรัชกาลที่ 5 มีศาลกลาโหม ชำระความที่เกี่ยวกับทหารและยังชำระความพลเรือนด้วย ทั้งนี้ เนื่องจากสมุหพระกลาโหมนั้นมิได้มีเพียงอำนาจหน้าที่เฉพาะการบังคับบัญชาทหารบก ทหารเรือ เท่านั้น แต่ยังมีหน้าที่จัดการปกครองหัวเมืองฝ่ายใต้ด้วย ศาลที่ขึ้นอยู่ในกระทรวงกลาโหมมีทั้งศาลที่ตั้งอยู่ในกรุงเทพ และศาลในหัวเมืองฝ่ายใต้ด้วย ศาลกลาโหมจึงมีลักษณะเป็นทั้งศาลทหารและศาลพลเรือนพ.ศ. 2434 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้ปรับปรุงในเรื่องการศาลทั้งหมด โดยให้ตั้งกระทรวงยุติธรรมขึ้น และรวบรวมศาลซึ่งกระจัดกระจายสังกัดอยู่ในกระทรวง ทบวง กรม ต่าง ๆ เข้ามาสังกัดกระทรวงยุติธรรมจนหมดสิ้นทุกศาล ยกเว้นแต่เพียงศาลทหารเพียงศาลเดียวที่ยังคงให้สังกัดกระทรวงกลาโหมอยู่ตามเดิม ศาลในประเทศไทยจึงแบ่งได้เป็นศาลกระทรวงยุติธรรมกับศาลทหารนับแต่นั้นมา