การเผยแผ่พระพุทธศาสนาก็มีอุปสรรคอยู่ เพราะมีสภาการศาสนาชาวมุสลิม (Muslim Religious Council) คอยบริหาร และดูแลผลประโยชน์ของชาวมุสลิม ฉะนั้นการชักจูงชาวมลายูที่ไม่ใช่ชาวจีนให้มานับถือพระพุทธศาสนา จะทำให้เกิดปฏิกิริยาตอบโต้ทางลบจากอำนาจรัฐซึ่งเป็นมุสลิม มีความพยายามเรียกร้องให้แต่ละศาสนามีอำนาจปกครองบริหารตนเองเหมือนในประเทศไทยอยู่หลายครั้ง แต่ก็ถูกปฏิเสธจากทางภาครัฐ พระสงฆ์ในประเทศมาเลเซียไม่สามารถออกบิณฑบาตได้เนื่องจากรัฐบาลมาเลเซียได้ประกาศกฎอัยการศึกเฉพาะกาลไว้ ทำให้เกิดการต่อต้านรัฐบาลอย่างรุนแรงจากศาสนิกชนอื่นๆที่ไม่ใช่อิสลาม ปัจจุบันนี้ คณะสงฆ์มลายูยังขาดบุคลากรที่ต้องการบวชนาน ๆ ทำให้บางวัดต้องปิดตัวลง เพราะไม่มีพระจำพรรษา และจะเปิดอีกครั้งเมื่อมีพระจำพรรษาเพียงพอ แต่ก็ได้พยายามแก้ปัญหาด้วยการแบ่งพระไปจำพรรษาสามเดือน ตามคำขอของชาวบ้านที่มีพระจำนวนน้อย