ยุคเริ่มต้น

พระพุทธศาสนาเข้ามาสู่ประเทศอินโดนีเซียในพุทธศตวรรษที่ 3 คราวที่พระเจ้าอโศกมหาราช ส่งพระโสณะ และพระอุตตระเดินทางมาเผยแผ่พุทธธรรม{[บริเวณใด]} ต่อมาในพุทธศตวรรษที่ 12 ได้เกิดรัฐมหาอำนาจทางทะเลชื่อว่า อาณาจักรศรีวิชัย (Srivijaya) ซึ่งมีอิทธิพลตั้งแต่อินโดนีเซีย จนถึงคาบสมุทรมลายู รวมไปถึงทางใต้ของประเทศไทย อาณาจักรศรีวิชัยนี้ ศาสนิกชนส่วนใหญ่จะเป็นนิกายมหายาน และแพร่หลายมาก และได้พบหลักฐานทางโบราณคดีมากมาย ได้แก่ พระพิมพ์ดินดิบ และพระโพธิสัตว์ เป็นต้น.

ราชวงศ์ไศเลนทร์

บนเกาะชวาทางภาคกลาง ได้เกิดราชวงศ์ที่ยิ่งใหญ่ นามว่า ราชวงศ์ไศเลนทร์ ซึ่งในเวลาต่อมา ราชวงศ์ไศเลนทร์ก็มีอำนาจปกครองอาณาจักรศรีวิชัยในพุทธศตวรรษที่ 15 และได้มีการติดต่อราชวงศ์ปาละ แห่งเบงกอล และได้มีการแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมกัน โดยอาณาจักรศรีวิชัยได้ส่งพระภิกษุไปศึกษาที่มหาวิทยาลัยนาลันทา ซึ่งกษัตริย์แห่งเบงกอลก็ให้การต้อนรับอย่างดี และทางเบงกอลก็ได้ส่งพระภิกษุ และช่างฝีมือดี มาเผยแผ่พุทธศาสนา และสอนศิลปะสมัยปาละ แก่ชาวนครศรีวิชัยด้วย

ยุคมัชฌปาหิต

พระพุทธศาสนาเสื่อมมาก ในสมัยพุทธศตวรรษที่ 19 เมื่ออาณาจักรศรีวิชัยเสื่อมลง และทำให้อาณาจักรมัชปาหิตเข้ามามีอำนาจแทน ซึ่งอาณาจักรนี้เป็นฮินดู แต่ต่อมากษัตริย์มัชปาหิตพระองค์หนึ่ง นามว่า "ระเด่นปาทา" ทรงเกิดความเลื่อมใสในศาสนาอิสลาม ทรงยกย่องให้ศาสนาอิสลามเป็นศาสนาประจำชาติ และห้ามเผยแผ่พุทธศาสนา

ยุครัฐสุลต่าน และยุคอาณานิคม

ชาวพุทธในอินโดนีเซียช่วงนี้ ไม่ได้มีบทบาทเด่นๆใดๆเลย และกลายเป็นชนกลุ่มน้อย ภายใต้ชาวมุสลิม ซึ่งเป็นชนกลุ่มใหญ่ และเป็นเช่นนี้เรื่อยๆจนถึงยุคฮอลันดาปกครอง และได้รับเอกราช ชาวอินโดนีเซียพุทธนั้นส่วนใหญ่อยู่ทางตะวันตกของเกาะชวา เกาะบาหลี เกาะบังกา-เกาะเบลิตุง และบางส่วนของเกาะสุมาตรา

ปัจจุบัน

ชาวอินโดนีเซียที่นับถือพุทธศาสนานิกายมหายานอยู่นั้นจะมีอยู่บนเกาะชวาได้แก่ ชาวชวา (นับถือพุทธศาสนาร้อยละ 1) และชาวซุนดา และจะมีชาวบาหลีบนเกาะบาหลี ซึ่งบางคนก็นับถือศาสนาพราหมณ์-ฮินดูแบบพื้นเมืองควบคู่กันไป และมีชาวซาซะก์บางคนที่นับถือศาสนาพุทธ และลัทธิวตูตลู ซึ่งเป็นศาสนาอิสลาม ที่รวมกับความเชื่อแบบฮินดู-พุทธ อยู่บ้างบนเกาะลอมบอก รวมไปถึงชาวจีนโพ้นทะเลที่อาศัยบนเกาะชวา ทุกๆปี ศาสนิกชนเหล่านี้จะมาประกอบพิธีในวันวิสาขบูชาที่บุโรพุทโธ ที่เมืองมุนตีลาน ที่อินโดนีเซียนี้ได้จัดตั้งสมาคมเพื่อสอนพระพุทธศาสนาแก่เยาวชน มีการบรรยายธรรม ปฏิบัติสมาธิ ออกวารสาร เช่น วารสารวิปัสสนา และวารสารธรรมจารณี ซึ่งการปกครองดูแลศาสนิกชนในอินโดนีเซียจะขึ้นกับพุทธสมาคมในอินโดนีเซีย มีสำนักงานใหญ่ในกรุงจาการ์ตา มีสาขาย่อย 6 แห่ง

ปัจจุบันประเทศอินโดนีเซีนได้เริ่มมีการฟื้นฟูพระพุทธศาสนา โดยการริเริ่มจากพระสงฆ์ชาวศรีลังกา และชาวพื้นเมือง ที่ได้รับการอุปสมบทจากประเทศพม่า และที่ประเทศไทย ในวัดบวรนิเวศวิหาร และวัดเบญจมบพิตร ปัจจุบันศาสนาพุทธนั้นมีศาสนิกอยู่ประมาณ 150,000 คน หรือประมาณร้อยละ 1 ของประชากรชาวอินโดนีเซียทั้งหมด[1][2] ซึ่งสังคมอินโดนีเซียส่วนใหญ่เป็นมุสลิมและไม่ได้ต่อต้านศาสนาอื่น