สุลต่านอาลีแห่งยะโฮร์ (Ali, Sultan of Johore) มีพระนามเต็มว่า อาลี อิสกันดาร์ ชาห์ อิบนิ ฮุสเซน มูอัสซัม ชาห์ (Ali Iskandar Shah ibni Hussein Muazzam Shah) เป็นสุลต่านองค์สุดท้ายของราชวงศ์ที่ปกครองยะโฮร์มาตั้งแต่ พ.ศ. 2242 แต่ตำแหน่งสุลต่านที่พระองค์ได้รับใน พ.ศ. 2398 นั้น เป็นตำแหน่งตามประเพณีไม่ได้มีอำนาจในการปกครองอย่างแท้จริง พระองค์ประสูติเมื่อ พ.ศ. 2368 เป็นโอรสของสุลต่านฮุสเซน หลังจากสุลต่านมะห์มูดแห่งยะโฮร์-เรียวสิ้นพระชนม์ใน พ.ศ. 2355 เนเธอร์แลนด์รับรองให้รายาอัลดุลระห์มานเป็นสุลต่านต่อมา เพื่อให้สุลต่านองค์นี้ยกหมู่เกาะเรียวให้เนเธอร์แลนด์ ส่วนอังกฤษสนับสนุนโอรสอีกองค์ของสุลต่านมะห์มูดขึ้นเป็นสุลต่านคือสุลต่านฮุสเซน ชาห์ บิดาของสุลต่านอาลี แต่สุลต่านทั้งสองพระองค์ก็ไม่มีอำนาจที่แท้จริง สุลต่านฮุสเซนประทับที่สิงคโปร์ภายใต้การดูแลของอังกฤษจนสิ้นพระขนม์เมื่อ พ.ศ. 2378 ขณะที่สุลต่านอาลีมีพระชนม์เพียง 10 พรรษา อังกฤษปล่อยให้ตำแหน่งสุลต่านว่างอยู่ถึง 20 ปี จึงตั้งสุลต่านอาลีขึ้นเป็นสุลต่านแห่งยะโฮร์-เรียวเมื่อพ.ศ. 2398 โดยมีอำนาจปกครองเพียงตอนเหนือของยะโฮร์ติดกับมะละกาเท่านั้น ดินแดนที่เหลือเป็นสิทธิ์ขาดของเตเมิงกุมอับราฮัม แต่อับราฮัมและอังกฤษไม่กล้าล้มล้างราชวงศ์ของอาลี เพราะเกรงประชาชนต่อต้าน พระองค์จึงครองราชย์จนสิ้นพระชนม์ใน พ.ศ. 2419 รวมพระชนมายุได้ 51 พรรษา หลังจากนั้น อาบูบาการ์ บุตรชายของอับราฮัมที่ได้เป็นเตเมิงกุงต่อจากบิดาได้สถาปนาตนเองเป็นสุลต่านแห่งยะโฮร์ เมื่อ พ.ศ. 2428