ฤดูกาล 2561 เป็นฤดูกาลที่ 3 ของ สโมสรฟุตบอลอยุธยา ยูไนเต็ด ในระบบฟุตบอลลีกอาชีพของประเทศไทย โดยหลังจากจบฤดูกาล 2560 สโมสรเปลี่ยนหัวหน้าผู้ฝึกสอนจาก ณรงค์พร เฉยไธสงโชดก เป็น มาซายูกิ มิอูระ ผู้ฝึกสอนชาวญี่ปุ่น ซึ่งนับเป็นผู้ฝึกสอนชาวต่างชาติรายแรกของสโมสร และมีการเก็บตัวฝึกซ้อมก่อนเปิดฤดูกาลที่ตำบลหนองสาหร่าย อำเภอปากช่อง จังหวัดนครราชสีมาในฤดูกาลนี้สโมสรสามารถทำผลงานได้ดีในไทยลีก 3 ตอนบน โดยยึดครองอันดับ 1 ได้อย่างยาวนานกว่า 3 เดือน ก่อนจะมีผลงานที่แผ่วลงไปในช่วงท้ายฤดูกาลทำให้ได้เพียงแค่ตำแหน่งรองแชมป์ และต้องไปแข่งขันในรอบเพลย์ออฟกับสโมสรฟุตบอลนรา ยูไนเต็ด ซึ่งสามารถเอาชนะได้ด้วยประตูรวม 2–1 ได้เลื่อนชั้นขึ้นไปแข่งขันในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2562