ฤดูกาล 2565–2566 เป็นฤดูกาลที่ 7 ของ สโมสรฟุตบอลอยุธยา ยูไนเต็ด ในระบบฟุตบอลลีกอาชีพของประเทศไทย โดยสโมสรจบด้วยอันดับ 11 ในไทยลีก 2 ฤดูกาล 2564–65ฤดูกาลนี้สโมสรได้ส่ง เจษฎา จิตสวัสดิ์ หัวหน้าผู้ฝึกสอนและผู้เล่นส่วนใหญ่จากฤดูกาลที่แล้วคืนให้กับ สโมสรฟุตบอลเมืองทอง ยูไนเต็ด เนื่องจากหมดสัญญายืมตัว โดยแต่งตั้งให้ สันติ ไชยเผือก กลับมาคุมทีมอีกครั้ง ซึ่งนับเป็นการกลับมาคุมทีมอยุธยา ยูไนเต็ด เป็นครั้งที่ 3 ของเจ้าตัว