ปัจจุบันจำแนกสัตว์ในกลุ่มนี้ออกเป็น 4 ชั้น คือ

1. ชั้นทรีมาโตดา (Trematoda) ได้แก่ พยาธิใบไม้ ทุกชนิด ลักษณะลำตัวไม่แบ่งเป็นปล้อง เป็นปรสิตทั้งในสัตว์และคน มีหอยน้ำจืดเป็นสื่อกลางในการแพร่พันธุ์
   • กลุ่มพยาธิใบไม้ในตับ (Opisthorchis viverrini) ฟักตัวในเลือด
   • กลุ่มพยาธิใบไม้ในลำไส้ (Fasciolopsis buski) ตัวอ่อนของพยาธิ (cercaria) อาศัยอยู่ในน้ำ
   • กลุ่มพยาธิใบไม้ในปอด (Paragonimus westermani)
2. ชั้นเทอร์เบลลาเรีย (Turbellaria) ได้แก่
   • พลานาเรีย พบในน้ำจืดตามสระและคูน้ำ หนอนหัวขวาน พบในที่ชื้นตามป่าและสวน ลักษณะลำตัวไม่แบ่งเป็นปล้อง คล้ายพวกพยาธิใบไม้ ส่วนใหญ่อยู่อาศัยอย่างอิสระ
3. ชั้นเซสโตดา (Cestoda) ได้แก่ พยาธิตัวตืด ทุกชนิด ลำตัวยาวแบ่งเป็นปล้องต่างๆ แต่ละปล้องสามารถเจริญสืบพันธุ์เป็นตัวใหมได้ ระยะตัวอ่อนจะฝังตัวในกล้ามเนื้อของสัตว์ ซึ่งชาวบ้านเรียกว่า เม็ดสาคู ส่วนหัวซึ่งเรียกว่า สโคเลกซ์ (Scolex) มีอวัยวะยึดเกาะที่เรียกว่า Sucker
   • กลุ่มพยาธิตืดหมู (Taenia solium)
   • กลุ่มพยาธิตืดวัว (Taenia saginata)
4. ชั้นโมโนจีเนีย (Monogenea) หนอนตัวแบนโบราณ เช่น ปลิงใส หรือ Opisthaptor พบ definitive host เป็นปลาน้ำจืดแค่ host เดียวเท่านั้น