หมู่เกาะโมลุกกะ (อังกฤษ: Moluccas) หรือ หมู่เกาะมาลูกู (Maluku Islands) เป็นหมู่เกาะในประเทศอินโดนีเซีย และเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มเกาะมลายู ตั้งอยู่บนแผ่นเปลือกโลกออสเตรเลีย ทางด้านตะวันออกของเกาะซูลาเวซี (เซเลบีส) ทางด้านตะวันตกของเกาะนิวกินี และทางเหนือของติมอร์ ในอดีตนั้น ชาวจีนและชาวยุโรปเรียกหมู่เกาะนี้ว่า หมู่เกาะเครื่องเทศพื้นที่ส่วนใหญ่ของเกาะเป็นภูเขา บางส่วนยังเป็นภูเขาไฟที่ยังคุกรุ่นอยู่ และมีสภาพภูมิอากาศที่ชื้น พืชพรรณอุดมสมบูรณ์ แม้จะอยู่บนเกาะที่เล็ก แคบ และล้อมรอบด้วยทะเล อาทิ ป่าฝน สาคู ข้าว และเครื่องเทศต่าง ๆ (เช่น ลูกจันทน์เทศ กานพลู ดอกจันทน์เทศ) ถึงแม้ว่าชาวเมลานีเซียจะเป็นประชากรส่วนใหญ่แต่เดิมโดยเฉพาะบนเกาะบันดา แต่ก็ถูกสังหารในช่วงศตวรรษที่ 17 การอพยพเข้ามาของชาวมลายูในช่วงต้นของศตวรรษที่ 20 ในช่วงที่ชาวดัตช์ปกครองอยู่ และต่อเนื่องมาจนถึงยุคที่เป็นประเทศอินโดนีเซียแล้วในทางการเมือง หมู่เกาะโมลุกกะเป็นจังหวัดหนึ่งในอินโดนีเซียตั้งแต่ปี พ.ศ. 2493 ถึงปี พ.ศ. 2542 มาลูกูเหนือและฮัลมาเฮรากลางถูกแยกออกเป็นอีกจังหวัดหนึ่ง ดังนั้น หมู่เกาะนี้จึงถูกแบ่งออกเป็น 2 จังหวัด คือ มาลูกู (Maluku) และมาลูกูเหนือ (North Maluku) ระหว่างปี 2542 ถึง 2545 เป็นช่วงที่เกิดความขัดแย้งระหว่างชาวมุสลิมกับชาวคริสต์ แต่ก็เพิ่งกลับมาสงบสุขเมื่อไม่กี่ปีที่ผ่านมา