หอพระนาก ตั้งอยู่ทางด้านทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ของพระอุโบสถ ใกล้กับพระวิหารยอดตรงกันข้ามกับ หอพระมณเฑียรธรรม พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างขึ้นในระยะที่ 2 ของการสร้างวัดพระศรีรัตนศาสดาราม เมื่อขยายเขตพระระเบียงออกไปทางด้านทิศเหนือ เพื่อประดิษฐานพระพุทธรูปหล่อและแผลงด้วยนาก ซึ่งอัญเชิญมาจากพระนครศรีอยุธยา และถือพระนากเป็นพระประธานในการ “เปตพลี” (การอุทิศกุศลแก่ผู้ล่วงลับไปแล้ว) ลักษณะของหอพระนากในรัชกาลนี้ ไม่ปรากฏหลักฐานว่ามีรูปร่างอย่างไรในสมัยรัชกาลที่ 3 หอพระนากคงจะชำรุดทรุดโทรมจึงโปรดเกล้า ฯ ให้ซ่อมแปลงหอพระนาก แล้วประดิษฐานพระพุทธรูปต่าง ๆ หลายสิบองค์ มีทั้งหุ้มทองบ้าง หุ้มเงินบ้าง หุ้มนากบ้าง รวมทั้งรูปพระเชษฐบิดร คือรูปสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (พระเจ้าอู่ทอง) ซึ่งสร้างกรุงศรีอยุธยา ที่แปลงเป็นพระพุทธรูปแล้วนั้นก็ประดิษฐานอยู่ด้วย ส่วนพระอัฐิเจ้านายนั้นเก็บอยู่ในตู้ผนังด้านหลังพระวิหารในสมัยรัชกาลที่ 5 เมื่อเตรียมงานสมโภชพระนครครบ 100 ปี โปรดเกล้า ฯ ให้สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาเทวะวงศ์วโรปการ เมื่อครั้งดำรงพระอิศริยยศเป็น พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นเทวะวงศ์วโรปการปฏิสังขรณ์หอพระนาก ซ่อมแซมช่อฟ้า ใบระกา และหลังคา รวมทั้งลงรักปิดทองซุ้มประตูหน้าต่างภายนอกทั้งหมด ตลอดจนเขียนผนังเพดาน ทำตู้ ปูพื้น และทำพระโกศทรงพระอัฐิในหอพระนากทั้งหมด ส่วนพระพุทธรูปทั้งหมดที่ประดิษฐานอยู่ในหอพระนาก โปรดเกล้า ฯ ให้อัญเชิญไปประดิษฐานไว้บนพระวิหารยอด อย่างไรก็ตามด้วยความเคยชินที่เคยเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปแผลงด้วยนากเช่นนี้ จึงยังคงเรียกว่า "หอพระนาก" มาตราบจนทุกวันนี้ในสมัยรัชกาลที่ 7 เมื่อเตรียมงานสมโภชพระนครครบ 150 ปี โปรดเกล้า ฯ ให้ปฏิสังขรณ์ทั้งภายนอกและภายในทั้งหลัง เขียนลายผนังด้านในใหม่เป็นลายพุ่มข้าวบิณฑ์อย่างเดิม แล้วทำพระโกศทรงพระอัฐิเจ้านายที่ยังไม่มีพระโกศที่บรรจุทั้งหมด สิ่งที่เพิ่มเติมคือ เจาะผนังด้านทิศตะวันตกให้เป็นช่องสร้างเป็นพระวิมานประดิษฐานพระบวรอัฐิ พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระบวชราชเจ้า กรมพระราชวังบวรสถานมงคล ในรัชกาลที่ 1 รัชกาลที่ 2 และ รัชกาลที่ 3 เบื้องหน้าพระวิมานสร้างเป็นซุ้มคูหาตั้งพระเบญจาแบบย่อเก็จด้านหน้า ด้านหลังติดผนังสำหรับเป็นที่ประดิษฐานพระโอศทรงพระอัฐิเจ้านายในพระบรมราชจักรีวงศ์ ระหว่างการบูรณะหอพระนากได้อัญเชิญพระบวรอัฐิและพระอัฐิ ไปพักไว้ท้ายจรนำปราสาทพระเทพบิดรเป็นการชั่วคราว เมื่อการบูรณะสำเร็จแล้ว ใน พ.ศ. 2475 จึงได้เชิญพระบวรอัฐิและพระอัฐิขึ้นประดิษฐานในหอพระนากตามตำแหน่งที่จัดไว้ในรัชกาลที่ 9 ได้มีการเสริมหน้าต่างกระจกขึ้นอีกชั้นหนึ่ง นอกหน้าต่างลายรดน้ำของเดิม เพื่อป้องกันการเสียหายของลายรดน้ำเมื่อถูกแดดฝน พร้อมทั้งทำเหล็กม้วนปิดซุ้มคูหาที่ตั้งพระบวรอัฐิและพระอัฐิ