การจัดอันดับสถาบันอุดมศึกษาในประเทศไทยโดยสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) จัดทำขึ้นเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2549 ในการจัดทำอันดับมหาวิทยาลัยรัฐ โดยมีมหาวิทยาลัยเข้าร่วม 50 มหาวิทยาลัย และมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เป็นมหาวิทยาลัยเดียวที่เข้าร่วมแต่เสนอว่าไม่ต้องการอยู่ในอันดับ[ต้องการอ้างอิง] และมหาวิทยาลัยเอกชนไม่ได้ร่วมด้วยเนื่องจากสมาคมสถาบันอุดมศึกษาเอกชนแห่งประเทศไทยแจ้งว่ายังไม่ให้ข้อมูลในปีนั้น[ต้องการอ้างอิง]การจัดอันดับนี้ใช้ชื่อว่า "โครงการฐานข้อมูลออนไลน์เพื่อประเมินศักยภาพของมหาวิทยาลัยไทย"[1] ได้แบ่งหัวข้อการจัดอันดับออกเป็น 2 ส่วนหลักคือ ด้านการวิจัย และ ด้านการเรียนการสอน ได้จัดทำออกเป็น 2 ส่วนย่อยคือ อันดับในภาพรวมแบ่งแยกตามมหาวิทยาลัยแบ่งออกเป็นกลุ่ม และอันดับแบ่งแยกย่อยในแต่ละสาขาวิชา โดยแบ่งออกเป็น 7 สาขาวิชาย่อย ได้แก่ (1) สาขาวิทยาศาสตร์ (2) สาขาเทคโนโลยี (3) สาขาชีวการแพทย์ (4) สาขามานุษยวิทยาและศิลปกรรมศาสตร์ (5) สาขาสังคมศาสตร์ (6) สาขาเกษตร (7) สาขาศึกษาศาสตร์/ครุศาสตร์