คำว่าอัลกออิดะฮ์เป็นภาษาอาหรับหมายถึงมูลนิธิ ที่มั่น บิน ลาดินให้สัมภาษณ์แก่วารสาร al Jazeera ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2544 ว่าคำว่าอัลกออิดะฮ์นี้ใช้ตั้งแต่สมัยที่กลุ่มมุญาฮิดีนต่อสู้กับสหภาพโซเวียตโดยเรียกค่ายฝึกว่าอัลกออิดะฮ์ คำว่าอัลกออิดะฮ์นำมาใช้เป็นครั้งแรกโดยกระทรวงยุติธรรมของสหรัฐอเมริกา เมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2544 ในการสอบสวนผู้ต้องหาสี่คนที่นิวยอร์กจากคดีการวางระเบิดสถานทูตสหรัฐในแอฟริกาตะวันออกเมื่อ พ.ศ. 2541 ต่อมาในเดือนเมษายน พ.ศ. 2545 กลุ่มนี้ปรากฏในชื่อกออิดะฮ์ อัล ญิฮาด (ที่มั่นแห่งญิฮาด)