การปกครองในสมัยกรุงธนบุรีนั้น ดัดแปลงมาจากกรุงศรีอยุธยา โดยแบ่งออกเป็น 2 ประเภท ดังนี้

การปกครองส่วนกลาง

กรุงธนบุรีเป็นศูนย์กลาง มีอัครมหาเสนาบดีตำแหน่ง " เจ้าพระยา " จำนวน 2 ท่าน ได้แก่

• สมุหนายก เป็นอัครมหาเสนาบดีฝ่ายพลเรือน เป็นผู้ดูแลหัวเมืองฝ่ายเหนือ ทั้งในราชการฝ่ายทหารและพลเรือน ในฐานะเจ้าเสนาบดีกรมมหาดไทย ผู้เป็นจะมียศเป็น "เจ้าพระยาจักรีศรีองครักษ์" หรือที่เรียกว่า "ออกญาจักรี"
• สมุหพระกลาโหม เป็นอัครมหาเสนาบดีฝ่ายทหาร เป็นผู้ดูแลหัวเมืองฝ่ายใต้ทั้งปวง ยศนั้นก็จะมี "เจ้าพระยามหาเสนา" หรือที่เรียกว่า "ออกญากลาโหม"

ส่วนจตุสดมภ์นั้นยังมีไว้เหมือนเดิม มีเสนาบดีตำแหน่ง " พระยา " จำนวน 4 ท่าน ได้แก่

• กรมเวียง หรือ นครบาล มีพระยายมราชทำหน้าที่ดูแล และ รักษาความสงบเรียบร้อยภายในพระนคร
• กรมวัง หรือ ธรรมาธิกรณ์ มีพระยาธรรมาธิกรณ์ ทำหน้าที่ดูแลความสงบเรียบร้อยในเขตพระราชฐาน
• กรมคลัง หรือ โกษาธิบดี มีพระยาโกษาธิบดี ทำหน้าที่ดูแลการซื้อขายสินค้า ภายหลังได้รับการแต่งตั้งให้ดูแลหัวเมืองฝ่ายตะวันออกด้วย
• กรมนา หรือ เกษตราธิการ มีพระยาพลเทพ ทำหน้าที่ดูแลการเกษตรกรรม หรือ การประกอบอาชีพของประชากร

การปกครองส่วนภูมิภาค

• หัวเมืองชั้นใน จะมีผู้รั้งเมือง เป็นผู้ปกครอง จะอยู่รอบๆไม่ไกลจากราชธานี

• เมืองพระยามหานคร จะแบ่งออกได้เป็น เมืองเอก โท ตรี จัตวา มีเจ้าเมืองเป็นผู้ปกครอง

• เมืองประเทศราช คือเมืองที่จะต้องส่งเครื่องราชบรรณาการมาให้กรุงธนบุรี ซึ่งในขณะนั้น จะมี นครศรีธรรมราช เชียงแสน เชียงใหม่ ลำปาง ลำพูน พะเยา แพร่ น่าน ปัตตานี ไทรบุรี ตรังกานู มะริด ตะนาวศรี พุทไธมาศ พนมเปญ จำปาศักดิ์ หลวงพระบาง และ เวียงจันทน์ ฯลฯ